KL Gangster Underworld bermula selepas insiden KL Gangster (lakonan Aaron Aziz dan Adi Putra), semasa kongsi-kongsi gelap di Kuala Lumpur kehilangan nakhoda akibat dibunuh atau dipenjara selepas ditangkap pihak berkuasa. Masing-masing bersaing dan berbunuhan bagi merebut takhta kosong yang ditinggalkan. Pertumpahan darah, pembelotan dan sabotaj bermaharajalela sepanjang tempoh darurat ini.

Di tengah kekalutan ini, terdapat seorang ahli kongsi iaitu Shah yang ingin mengundur diri dan memulakan kehidupan baru sebagai insan biasa, namun dihalangi oleh rintangan dan aral yang melintang sehingga memaksa dia kembali bergiat dalam aktiviti haram ini. Tak tersangka, pengembalian dia ke arena kongsi gelap ini mencetus satu revolusi baru kepada dinasti kongsi gelap di Kuala Lumpur.