Isterinya Kamariah Kamarudin meninggal dunia pada 11 November 2009 kerana kanser usus selepas menerima rawatan di Subang Jaya Medical Centre (SJMC) termasuk kimoterapi. Ketika itu, Kamaruddin Jaafar berada di Qatar. Jenazah disembahyangkan di Masjid Nurul Yaqin, SS7 Kelana Jaya dan dikebumikan di Bukit Kiara selepas solat Asar.[2]

Mereka mempunyai empat anak, dua lelaki dan dua perempuan antaranya :

1. Nur Adilah
2. Saiful Adli
3. Shahid Adli
4. Nur Shifa.

Kamaruddin Jaafar berkahwin buat kali kedua dengan Datin Yushazlinda Yaacob pada 10 Mac 2011 . Majlis akad nikah diadakan di Masjid Tengku Kelana Jaya Petra, Kelana Jaya, Selangor. Isterinya berasal dari Melaka. Turut hadir ialah Mahfuz Omar, Dr Dzulkefly Ahmad dan Dr Mohd Hatta Ramli.