Transit tanpa henti kontena di seluruh dunia membawa bersamanya risiko yang sangat besar.

Antara risikonya ialah berkaitan pemuatan dan pemunggahan kontena, samada ia memberi kesan kepada kargo itu ataupun kapal itu sendiri. Oleh kerana sifatnya yang kurang menonjol dan jumlahnya yang besar dikendalikan di pelabuhan utama, kontena memerlukan organisasi yang kompleks bagi memastikan ia tidak hilang, dicuri atau dihantar ke destinasi yang salah. Selain itu, kontena dan kargo yang dibawanya memberi beban berat yang besar kepada sesebuah kapal kontena, jadi proses memuat dan memunggah perlu dilakukan dengan mengambil kira keseimbangan kapal kerana ia memberi kesan langsung kepada pusat berat kapal tersebut.

Pengemudian di pesisir pantai dan pelabuhan juga mengundang bahaya kepada anjungan kapal seperti apa yang berlaku kepada sebuah kapal kontena yang melanggar jambatan teluk Oakland, San Francisco pada 7 November, 2007.[6]

Dianggarkan terdapat 10,000 kontena hilang dari atas kapal di laut setiap tahun.[7] Kebanyakan kes hilang berlaku akibat ribut dan arus yang kuat tetapi terdapat juga kes seluruh kapal hilang bersama muatannya di lautan. Kontena yang jatuh ke laut menjadi ancaman kepada alam sekitar -diistilahkan "sampah marin".

Perisian muatan moden (seperti modul BELCO, SEALASH dan DAGO) membantu mengurangkan risiko yang disebabkan oleh atur muat kontena yang tidak betul.