Lukisan oleh Edwin Lord Weeks (sekitar 1880) mengambarkan seorang Moor tua menyeru perang suci menentang Kristian di mihrab masjid. "Meskipun lukisan ini mengambarkan ilusi realiti; jihad atau perang suci tidak pernah diseru dari sebuah masjid."[1] Walters Art Museum

Pada tahun 1236, Córdoba telah ditakluk oleh Raja Ferdinand III dari Castile, dan masjid ini ditukarkan menjadi sebuah gereja Katolik di tengah-tengahnya. Alfonso X pula menyelia pembinaan gereja kecil Villaviciosa dan Gereja Diraja di dalam masjid. Raja-raja seterusnya menambah ciri-ciri Kristian seperti Raja Henry II yang membina semula gereja kecil pada kurun ke-14. Menara masjid juga ditukarkan menjadi sebuah menara loceng. Ia dihiasi dengan loceng yang diperolehi daripada Santiago de Compostela.[2]

Pengubahsuaian yang paling ketara pada bangunan ini adalah sebuah ruang ibu katedral Renaissance pada bagian tengah struktur. Penambahan ini dilakukan dengan kebenaran daripada Charles V, raja Castile dan Aragon. Bagaimanapun, apabila Charles V melawat katedral yang siap ini, beliau tidak senang akan hasilnya dan telah membuat satu komen yang terkenal, "mereka telah mengambil sesuatu yang unik dari seluruh dunia dan memusnahkannya untuk membina sesuatu yang kau boleh mendapatnya dari sebarang kota lain."[petikan diperlukan]

Para artis dan arkitek terus membuat penambahan pada struktur sedia adanya sehingga akhir kurun ke-18.