Kementerian ini diketuai oleh seorang menteri dan ianya adalah ahli di Majlis Mesyuarat Menteri-Menteri Kabinet. Menteri ini dibantu oleh seorang Setiausaha Tetap serta dua orang Timbalan Setiausaha Tetap.[3] Kementerian Hal Ehwal Dalam Negeri dibahagian kepada beberapa jabatan, yang terdiri dari berikut:

• Jabatan Daerah Brunei dan Muara
• Jabatan Daerah Belait
• Jabatan Daerah Tutong
• Jabatan Daerah Temburong
• Jabatan Bandaran Bandar Seri Begawan
• Jabatan Bandaran Kuala Belait dan Seria
• Jabatan Bandaran Tutong
• Jabatan Imigresen dan Pendaftaran Kebangsaan
• Jabatan Buruh
• Jabatan Bomba dan Penyelamat
• Jabatan Penjara
• Pusat Pengurusan Bencana Kebangsaan