Perkhidmatan Kesihatan Malaysia telah bermula sejak sebelum era kemerdekaan bagi merawat pelombong-pelombong bijih timah. Mereka dikenakan bayaran sebanyak 50 sen setahun bagi mendapatkan rawatan. Pada akhir abad ke-19 negeri Perak mempunyai bilangan hospital terbanyak memandangkan sektor perlombongan bijih timah di Perak berkembang pesat pada waktu itu.

Hospital Taiping yang juga dikenali sebagai Hospital Yeng Wah merupakan hospital tertua di Malaysia. Sejurus selepas pengenalan X-ray oleh Prof W. C Roentgen, hospital ini telah menjadi hospital pertama yang dilengkapi kemudahan ini. Selain itu, pada tahun 1900, Institut Penyelidikan Perubatan (IMR) telah ditubuhan bertujuan untuk mengkaji punca penyakit berjangkit (penyakit tropika) yang kian menular ketika itu. IMR juga berfungsi untuk mengawal jangkitan terutamanya penyakit tropika seperti beri-beri, malaria dan disentri.

Ketika pemerintahan Raja Brooke di Sarawak, perkhidmatan kesihatan diperkenalkan untuk merawat pegawai penguasa Eropah serta ahli keluarga mereka. Disamping itu, gadis-gadis Sarawak telah dilatih menjadi jururawat dan bidan di bandar Kuching. Perkhidmatan di negeri ini khusus kepada penduduk-penduduk di kawasan bandar. Pada masa yang sama, perkhidmatan kesihatan di Sabah telah diperkenalkan oleh North Borneo Chartered Company yang menjadi tonggak pemerintahan Sabah pada ketika itu (1881-1942).

Pada tahun 1929, klinik pergigian kerajaan yang pertama telah ditubuhkan di Jalan Silang, Kuala Lumpur. Selain itu, Kolej Latihan Jururawat Pergigian telah ditubuhkan di Pulau Pinang pada tahun 1949 diikuti dengan pembukaan asrama jururawat oleh Sir Donald Mc Gilivray (1956).

Melalui Rancangan Malaysia ke 7 (RMK-7), permohonan KKM untuk membina lima Kolej Sains Kesihatan Bersepadu (KSKB) di Sg. Buloh, Kota Kinabalu, Kuching, Johor Bahru dan Ulu Kinta telah diluluskan oleh pihak kerajaan. Selepas 1957, Malaysia telah mempunyai 65 buah hospital dan lebih menumpukan perkembangan sosio-ekonomi penduduk luar bandar.

Jabatan Kebajikan Masyarakat di bawah naungan Kementerian Kesihatan Malaysia mempunyai peranan untuk memulihkan perkembangan sosial.Saban tahun, KKM menyediakan pelbagai kemudahan perkhidmatan kesihatan seterusnya menjadi rujukan oleh negara-negara jiran dalam bidang teknologi dan perubatan.