Seperti watak-watak lain, zaman lampau Kira tidak diselami dengan dalam. Tetapi, telah diketahui bahawa ayah dan ibunya, Kira Kagekiyo dan Shizuka telah meninggal dunia sebelum dia memasuki akademi shinigami dan Kira berasal dari keluarga bangsawan kelas bawahan. Hal ini ditunjukkan apabila Abarai Renji mengatakan bahawa hanya mereka yang kaya berjabat tangan sebagai tanda sapaan apabila Kira menghulurkan tangannya.

Di akademi shinigami, Kira berjumpa dan bersahabat dengan Hinamori dan Renji. Mereka bertiga merupakan pelajar cemerlang di kelas dengan Hisagi Shūhei sebagai senior mereka (dalam omake, Hisagi, Renji dan Kira selalu meluangkan masa bersama-sama). Setelah melihat potensi mereka, Aizen Sōsuke mengambil mereka sebagai ahli Bahagian ke-5. Renji yang mudah memberontak dipindahkan ke Bahagian ke-11 manakala Hinamori dan Kira tinggal di Bahagian ke-5 dengan Kaptan Aizen dan Leftenan Ichimaru. Kira kemudiannya dinaikkan pangkat ke leftenan Bahagian ke-3 apabila Ichimaru menjadi Kaptan Bahagian ke-3.