Kewujudan bandar ini tidak lepas dari sejarah Kesultanan Cirebon pada abad ke 15, kemudian pada masa kolonial Hindia-Belanda, pada tahun 1906 Cirebon disahkan menjadi Gemeente Cheribon dengan luas 1,100 Hektar dan berpenduduk 20.000 jiwa (Stlb. 1906 No. 122 dan Stlb. 1926 No. 370).

Pada 1942 Kota Cirebon diperluas menjadi 2,450 hektar dan tahun 1957 status pemerintahannya menjadi Kota Praja dengan luas 3,300 hektar, selepas ditetapkan menjadi Kotamadya tahun 1965 luas wilayahnya menjadi 3,600 hektar.

Pada tarikh 15 April 2011, Kota Cirebon diguncang dengan bom bunuh diri. Lokasi pengeboman berada di masjid Mapolresta Cirebon. Pada peristiwa tersebut, pelaku bom bunuh diri tewas seketika, dan terdapat beberapa orang luka parah.