Rukia dan kakaknya, Hisana bertemu semula di Daerah ke-78 Rukongai selepas mereka meninggal dunia di dunia sebenar. Hisana meninggalkan Rukia ketika dia masih bayi lagi kerana Hisana tidak mampu menyara dirinya dan Rukia. Rukia membesar sendirian sehinggalah dia bertemu dengan Abarai Renji dan kanak-kanak lain yang sebaya dengannya. Mereka bekerjasama mencuri makanan untuk meneruskan hidup dan lama-kelamaan, membentuk sebuah keluarga. Walaupun pada asalnya Rukia dan Renji tidak ingin menjadi shinigami, kematian kesemua sahabat mereka mendorong mereka berdua untuk memasuki akademi bagi memperbaik taraf kehidupan.

Di akademi shinigami, Renji dapat memasuki kelas teratas manakala Rukia memasuki kelas bawah. Hubungan mereka berdua semakin renggang apabila Renji bergerak ke hadapan dalam latihannya dan mencapai status elit dan berterusan apabila Rukia dijemput untuk menjadi sebahagian daripada keluarga bangsawan Kuchiki. Renji meluahkan perasaan gembiranya setelah mendengar khabar ini walaupun masing-masing tidak mengakui kesedihan yang dirasai kerana kemungkinan besar mereka tidak boleh lagi bersua muka. Rukia menganggotai keluarga tersebut dan dengan serta-merta ditawarkan kedudukan dalam Bahagian ke-13 tanpa perlu menamatkan pengajian atau mengambil ujian kelulusan. Rukia tidak tahu bahawa Byakuya mengambilnya sebagai adik angkat bagi memenuhi permintaan terakhir Hisana yang juga merupakan seorang Kuchiki setelah mengahwini Byakuya.

Di Bahagian ke-13, Rukia tidak diberikan jawatan khas. Hal ini kemudiannya didedahkan sebagai angkara Byakuya kerana dia tidak mahu Rukia dihantar ke misi-misi berbahaya. Rukia kemudiannya bersahabat dengan leftenan bahagian tersebut, Shiba Kaien dan amat menyanjungi isterinya, Tempat Ketiga Shiba Miyako. Apabila Miyako dibunuh oleh hollow, Rukia, Kaien dan kaptan Bahagian ke-13, Ukitake Jūshirō memburu hollow tersebut. Kaien berhadapan dengan hollow tersebut dan menyebabkan zanpakutōnya patah. Rukia ingin membantu Kaien tetapi dihalang oleh Ukitake. Dia memberitahu Rukia bahawa pertarungan Kaien kali ini adalah demi maruahnya, bukan nyawanya. Jika Rukia membantu, Kaien akan terselamat tetapi maruahnya akan tercalar selama-lamanya. Sementara itu, hollow tersebut merasuki Kaien. Ukitake cuba menentang hollow tersebut tetapi apabila penyakitnya menyerang, hollow tersebut mengambil kesempatan untuk menyerang Rukia. Kaien berupaya menguasai hollow tersebut buat seketika dan menikam dirinya dengan zanpakutō Rukia. Dia berterima kasih kepada Rukia dan Ukitake kerana membiarkannya bertarung demi maruahnya dan meninggal dalam dakapan Rukia. Rukia membawa pulang mayat Kaien ke keluarga Shiba tetapi tidak memohon maaf kerana berasa bersalah atas kematian leftenannya.