Kisah awal

Semasa meronda di Bandar Karakura, Rukia memasuki bilik Ichigo untuk mengebumikan roh yang sedang mengekori Ichigo. Rukia terkejut apabila Ichigo menendangnya kerana tidak menyangka bahawa seorang manusia dapat melihat dan menyentuh shinigami. Satu hollow menyerang rumah Ichigo dan Rukia cedera parah semasa melindungi Ichigo. Rukia yang tidak dapat bertarung cuba menyalurkan sebahagian daripada kuasa shinigaminya kepada Ichigo tetapi Ichigo menyerap kesemua kuasa Rukia. Dengan keupayaan shinigami, Ichigo dengan mudahnya menumpaskan hollow tersebut dan Rukia meninggalkan Ichigo.

Oleh sebab Ichigo telah menyerap kuasa shinigaminya, Rukia tidak dapat pulang ke Soul Society dan terpaksa menggunakan gigai yang diberikan oleh Urahara Kisuke sementara menunggu kuasanya pulih. Pada masa ini, dia meyakinkan Ichigo agar mengambil alih tugasnya dan menjadi pelajar di sekolah Ichigo. Malangnya, aktiviti Ichigo mengakibatkan kekecohan di dunia roh dan dunia manusia. Sekumpulan besar hollow (dan satu Menos Grande) datang ke dunia nyata tetapi dapat ditangani oleh Ichigo, Rukia dan beberapa orang kawan yang telah membangunkan kuasa sendiri selepas terdedah kepada kuasa semangat Ichigo.

Semakin lama Rukia tinggal di dunia manusia, semakin selesa kehidupannya di sana. Oleh sebab itu, Rukia takut bahawa jiwanya akan terikat dengan alam nyata dan melarikan diri dari rumah Ichigo. Dua orang shinigami dari Soul Society, kawan sepermainannya dari kecil Renji dan abang angkatnya Byakuya tiba di dunia manusia untuk memberkas Rukia dan nyaris-nyaris membunuh Ichigo dalam tugas tersebut. Risau akan keselamatan Ichigo, Rukia merayu kepadanya agar melupakannya dan pulang ke Soul Society sebagai banduan.

Babak Soul Society

Rukia dipenjarakan di dalam sebuah bilik tahanan di pejabat Bahagian ke-6 dan dijatuhkan hukuman mati. Sementara Ichigo dan rakan-rakannya bergerak ke Soul Society, dia berjumpa dengan Yamada Hanatarō yang ditugaskan untuk membersihkan bilik tahan Rukia. Rukia menceritakan banyak perkara tentang Ichigo dan dunia manusia. Hukuman bunuh yang bakal dijalankan menjadi semakin pelik dan disyaki apabila tarikhnya diubah sebanyak dua kali mengakibatkan Rukia mempunyai masa sebanyak 25 hari dan bukannya 35 hari seperti biasa. Selain itu, Sōkyoku, sejenis senjata besar yang berkuasa untuk membunuh shinigami kelas kaptan dengan segera akan digunakan dalam hukuman bunuh Rukia. Beberapa hari selepas itu, dia dipindahkan ke Tokong Kesedaran. Dari sana, Rukia boleh melihat Sōkyoku. Renji mengawas pemindahan lokasi Rukia dan memaklumkannya bahawa ryōka (roh asing) yang menceroboh masuk ke Soul Society ialah Ichigo.

Semasa di Tokong Kesedaran, Rukia melihat beberapa roh asing mencerobohi Soul Society dari langit dan kemudiannya diberitahu bahawa Renji telah dikalahkan. Dia juga dapat mengesan saat-saat ketika Ichigo dan Kenpachi tidak sedarkan diri setelah bertarung. Tiga hari sebelum hukuman dijalankan, Shiba Ganju dan Hanatarō berjaya memengsankan pengawal-pengawal yang berjaga di Tokong Kesedaran dan memecah masuk ke dalamnya. Apabila melihat Rukia, Ganju sedar bahawa dialah yang membunuh abangnya Kaien dan mengugut untuk membunuhnya. Byakuya muncul di tempat kejadian dan selepas diyakinkan oleh Hanatarō, Ganju berkeputusan untuk bersemuka dengan Byakuya bagi melindungi Rukia. Ganju hampir-hampir dibunuh oleh Byakuya tetapi kehadiran Ichigo menyelamatkan nyawanya. Ketibaan Ukitake Jūshirō dan Shihouin Yoruichi menyelamatkan orang lain di sekitar tetapi Rukia terpaksa dihantar semula ke penjara.

Tiga hari kemudian, Rukia dibawa keluar dari Tokong Kesedaran untuk dibunuh. Di pertengahan jalan, dia merasai bahawa Renji ditewaskan sekali lagi oleh seseorang. Ichimaru Gin menyapa Rukia dan berjanji kepada Rukia bahawa dia akan menyelamatkannya, Renji dan penceroboh lain. Apabila harapan baharu tercetus di hatinya, Gin mengakui bahawa dia hanya berbohong. Rukia dibawa ke Sōkyoku dan sebagai permintaan terakhirnya, dia meminta agar penceroboh Seireitei dihantar pulang ke dunia manusia dengan selamat. Sōkyoku dibebaskan dan sebelum ia sempat mengambil nyawa Rukia, Ichigo menghalangnya dengan zanpakutōnya. Ukitake dan Kyōraku turut menghadirkan diri dan menghancurkan Sōkyoku sementara Ichigo memusnahkan tapak hukuman bunuh dijalankan. Renji juga tiba dan Ichigo menyerahkan Rukia kepadanya. Renji membawa Rukia keluar dari kawasan tersebut dan meninggalkan Ichigo untuk berhadapan dengan leftenan lain serta Byakuya.

Renji mendukung Rukia sambil melarikan diri tetapi dihalang oleh Tōsen Kaname yang menghantar mereka kembali ke puncak bukit Sōkyoku. Aizen, Tōsen dan Ichimaru mendedahkan diri mereka sebagai pembelot dan meminta Renji menyerahkan Rukia. Renji berkeras untuk melindungi Rukia tetapi dia ditewaskan oleh Aizen dengan mudah. Begitu juga halnya dengan Ichigo yang cuba masuk campur dalam pertarungan tersebut. Aizen kemudiannya berkata bahawa hukuman bunuh ini dilangsungkan untuk memperoleh Sfera Pembiasan, sejenis alat yang mempunyai kuasa untuk memecah benteng penghadang di antara shinigami dengan hollow. Sfera tersebut telah diletakkan di dalam tubuh Rukia apabila dia menggunakan gigai yang diberikan oleh Urahara. Urahara mencipta gigai yang tidak boleh dijejaki dan menyebabkan penggunanya tidak dapat dikesan oleh sesiapa. Tetapi, gigai ini menyerap kuasa semangat, bukannya memulihkan kuasa penggunanya. Jika perkara ini dibiarkan berlanjutan, Rukia akan menjadi manusia biasa. Aizen berhajat untuk mengambil Sfera Pembiasan ini selepas Rukia dibunuh tetapi penglibatan Ichigo dalam situasi ini memaksanya menggunakan kaedah lain yang tidak begitu berbahaya (dicipta oleh Urahara juga). Cara ini tidak mencederakan roh Rukia. Walaupun dapat mengambil Sfera Pembiasan tanpa mengancam nyawa Rukia, Aizen mengarahkan Ichimaru untuk membunuhnya. Dia diselamatkan oleh Byakuya yang menolaknya daripada serangan Ichimaru. Sementara itu, kaptan, manusia dan leftenan lain tiba di tempat kejadian untuk menghalang tindakan pembelot-pembelot Soul Society. Tetapi, mereka diselamatkan oleh hollow yang membawa mereka ke Hueco Mundo.

Apabila Byakuya sedang menerima rawatan, dia memberitahu Rukia tentang kakaknya dan menerangkan bahawa keputusannya untuk membunuh Rukia adalah disebabkan oleh sumpahnya kepada keluarga Kuchiki bahawa dia tidak akan melanggar peraturan lagi. Ishida, Chad, Ichigo dan Orihime bersiap-sedia untuk pulang ke dunia manusia dan Rukia akhirnya memohon maaf kepada keluarga Shiba. Dia juga membuat keputusan untuk tinggal di Soul Society.

Babak Bount

Dalam anime, Rukia pulang semula ke dunia manusia apabila Bount mula mengancam ketenangan di sana. Dia tidak dimaklumkan tentang perkara ini, sebaliknya diarahkan untuk menghapuskan hollow. Oleh itu, dia berasa terkejut apabila tiba di alam nyata dan menyaksikan pertarungan antara Ichigo dengan Sōma Yoshino.

Apabila pertarungan tamat, Rukia bertemu dengan tiga roh modifikasi buatan Urahara yang boleh mengesan Bount. Ririn berasa cemburu akan hubungan mesra antara Rukia dengan Ichigo manakala Rukia menyukai Kuroud yang hampir seiras dengan Si Arnab Chappy dalam bentuk patung mainan. Rukia kemudiannya banyak menghabiskan masa di dunia sebenar dengan Ichigo dan rakan-rakan serta menghadiri sekolah seperti pada permulaan kisah. Tetapi, Rukia telah pun mengubah memori kawan-kawan sekelas bahawa dia memang mengikuti sesi persekolahan selama ini.

Semasa bertarung dengan Bount Mabashi, dia dirasuk oleh dollnya Ritz. Ritz berupaya memaksa Rukia mengambil bentuk shinigami dan menggunakan zanpakutōnya dalam keadaan asal (belum dibebaskan). Inoue Orihime berjaya memulihkan Rukia dengan menggunakan kuasanya untuk "menolak" peristiwa kerasukan Rukia.

Kemudian, Rukia menemani Ichigo dan lain-lain ke gua Bount dan akhirnya pulang ke Soul Society apabila Bount melancarkan serangan di sana. Dalam perjalanan dengan pasukannya, dia diserang oleh Yoshi. Dia dapat melarikan diri daripada Yoshi buat beberapa ketika dengan bantuan Ririn tetapi terpaksa menyerahkan diri apabila Yoshi mengambil seorang budak kecil sebagai tawanan. Yoshi mencederakan Rukia dan menikam kakinya tetapi Byakuya tiba tepat pada masanya untuk menghalang Yoshi daripada membunuh Rukia.

Semasa berehat di atas katil, Rukia terdengar beberapa orang gaji sedang membincangkan perisitiwa Ichigo bertarung dengan Kariya Jin di Sōkyoku dan cuba pergi ke medan pertarungan. Dia berselisih dengan Renji dan oleh sebab keadaan fizikalnya yang masih lemah, Rukia meminta Renji untuk membawanya ke sana. Pada mulanya, Rukia ingin menghulurkan bantuan tetapi dihalang oleh Renji yang mengatakan bahawa perlawanan ini ialah perlawanan Ichigo. Semasa menyaksikan pertarungan ini, dia meyakinkan Orihime agar membiarkan Ichigo bertempur sendirian kerana Jin dan Ichigo berkongsi latar belakang yang sama.

Babak Arrancar

Rukia muncul semula selepas kekalahan Ichigo kepada dua orang arrancar. Dia menyalakan semula semangat Ichigo untuk melindungi kawan-kawannya dan mengheret Ichigo untuk berjumpa dengan Orihime yang pada asalnya cedera kerana kegagalan Ichigo untuk mempertahankannya. Kemudian, dia bertolak ke rumah Keluarga Kurosaki dan di sana, shinigami lain menerangkan situasi terkini dengan Aizen. Dia dapat menewaskan arrancar D-Roy yang lemah dengan mudahnya dengan menggunakan tahap pertama zanpakutōnya. Setelah diserang hendap oleh Grimmjow, Ichigo mempersoalkan janji dan azam yang telah dibuat olehnya dan meninggalkan Rukia tanpa memberitahu tempat tujuannya.

Rukia menenangkan Orihime apabila Orihime dikatakan sebagai satu beban oleh Urahara. Selepas Orihime menyelesaikan beberapa urusan dengan vizard, Rukia membawanya ke Soul Society supaya mereka boleh berlatih bersama-sama untuk menjadi lebih kuat. Selepas satu lagi serangan arrancar di dunia manusia, Rukia pulang semula ke alam nyata sebelum Orihime untuk menyelamatkan Ichigo daripada Grimmjow. Sebelum Grimmjow sempat membunuh Rukia, Ichigo menyelamatkannya. Hirako Shinji tiba di tempat kejadian untuk bertarung dengan Grimmjow pula. Rukia ingin mengetahui hubungan Ichigo dengan "orang baru" ini tetapi terlalu sibuk dengan komunikasinya dengan Soul Society untuk mendalami khabar baru tersebut.

Selepas itu, dia muncul di rumah Orihime dan mengetahui berita penculikannya. Ichigo bersumpah untuk menyelamatkan Orihime tetapi Rukia idak berpeluang untuk membantu Ichigo kerana dia dan shinigami lain terpaksa pulang ke Soul Society atas arahan Byakuya dan Kenpachi.

Babak Hueco Mundo

Apabila Ichigo, Chad dan Ishida tiba di Hueco Mundo, Rukia dan Renji dapat mengejar dan mengikuti kumpulan tersebut serta sempat menyelamatkan mereka daripada serangan hollow. Seperti biasa, dia menyapa Ichigo dengan satu tumbukan (diikuti oleh satu pukulan siku daripada Renji) dan memberitahu Ichigo bahawa mereka sepatutnya menunggu ketibaannya dan Renji memandangkan mereka semua merupakan teman dan sebahagian daripada pasukan tersebut. Dia juga menjelaskan bahawa tindakan ini diluluskan oleh Byakuya (bukannya Jeneral Yamamoto). Maka, mereka dapat membantu menyelamatkan Orihime daripada Aizen dan Espada lain. Kumpulan ini bertolak ke ibu pejabat Aizen. Apabila berhadapan dengan sebuah bilik bercabang lima, mereka berpisah dan berjanji untuk berjumpa sesama sendiri hidup-hidup.

Setelah mengesan kekalahan Chad, Rukia menyeberangi sebatang jambatan di Las Noches. Apabila melihat sinaran matahari walhal keadaan di sana sepatutnya malam sentiasa, seorang Espada muncul dan membawanya ke dalam sebuah bangunan di tenah-tengah. Di sana, Espada tersebut memperkenalkan dirinya sebagai Aaroniero Arleri dan menanggalkan topengnya untuk mendedahkan wajahnya yang seiras Shiba Kaien.

Aaroniero menerangkan bahawa roh Kaien telah dihantar ke Hueco Mundo kerana ia telah bersebati dengan hollow kajian Aizen pada masa kematiannya. Hollow ini telah dicipta untuk mereput dan mengambil bentuk asal semula di Hueco Mundo. Memandangkan ia telah bersebati dengan Kaien pada ketika itu, kedua-dua mereka pulang ke sini sebagai satu entiti. Hollow itu sepatutnya mendominasi tubuh dan minda tetapi Aaroniero mendakwa bahawa Kaien sedang mengawal entiti ini. Dia menggantikan tempat seorang Espada di samping Aizen untuk membalas dendam. Dia juga meminta Rukia untuk mengikutinya tetapi cuba menyerang Rukia apabila dia berhampiran dengannya. Dia memuji bahawa kemahiran Rukia telah pun meningkat apabila Rukia berjaya mengelak serangan curi tersebut. Dia kemudiannya mengatakan menganggap peristiwa tersebut sebagai satu gurauan dan memberitahunya bahawa Rukia perlu membunuh kesemua sahabatnya demi mendapatkan keampunan daripadanya.

Berang akan sikap acuh tak acuh Aaroniero dan dakwaannya sebagai Kaien, Rukia menyerangnya kerana yakin bahawa Kaien yang sebenar tidak akan meluahkan kata-kata sebegitu. Cubaan Rukia gagal dan memandangkan Aaroniero memiliki memori Kaien, dia sangat memahami gaya serangan Rukia. Aaroniero membebaskan zanpakutōnya, Nejibana yang pernah dimiliki oleh Kaien dahulu. Rukia tidak mampu menyaingi bekas pegawai atasannya malah zanpakutōnya telah terlepas daripada genggamannya. Pada saat-saat terakhir, satu jampi kidō memecahkan sebahagian daripada dinding bangunan dan mendedahkan Aaroniero kepada cahaya matahari. Dengan ini, Aaroniero terpaksa berundur ke dalam bayang-bayang.

Dengan keupayaan Rukia untuk menggunakan kidō beberapa kali serentak, dia menggunakan jampi pengunci untuk menghentikan pergerakan Espada tersebut dan menembak satu jampi pemusnahan ke dinding untuk mendedahkan Aaroniero sepenuhnya kepada cahaya matahari. Hal ini menyebabkan wajah Kaien mencair dan mendedahkan satu bikar besar berisi cecair sebagai ganti kepalanya yang mengandungi dua sfera berisi topeng hollow. Rukia mempercayai bahawa dia sedang menguasai pertarungan ini tetapi Aaroniero mengatakan bahawa selagi dia berada di sebalik bayang-bayang, dia masih boleh menggunakan kuasanya. Sebagai permulaan, wajah Kaien muncul semula. Dia kemudiannya menggunakan kuasa sebenarnya iaitu menyerap kuasa hollow yang telah dimakannya. Apabila Rukia membunh Kaien, tubuh hollow yang merasukinya, Metastacia, pulang semula ke Hueco Mundo dan dimakan oleh Aaroniero. Dengan itu, roh Kaien adalah sebahagian daripada Aaroniero. Rukia tidak sanggup bertarung dengan bekas leftenannya dan cuba menyerang sekali lagi. Tetapi, Sode no Shirayuki terbelah dua semasa cuba menghadang serangan Nejibana. Rukia ditikam oleh Nejibana dan dijulang ke udara.