Landasan ini dibina oleh Angkatan Udara Amerika Syarikat pada tahun 1956 sebagai lapangan terbang kecemasan untuk pengebom Air Strategik dan ia dikenali sebagai Pangkalan Udara Mactan.[4] Ia kekal sebagai jawatan kecil hingga Perang Vietnam pada tahun 1960-an ketika ia menjadi pangkalan untuk unit Angkatan A.S. C-130.[4]

Pada pertengahan tahun 1960an, lapangan terbang awam telah dibuka, untuk menggantikan Lapangan Terbang Lahug (kini tapak Cebu IT Park), yang tidak lagi dapat dikembangkan kerana masalah keselamatan dan fizikal. Lapangan terbang itu kemudiannya berkembang ke Lapangan Terbang Antarabangsa Mactan-Cebu (MCIA).

Pada 20 Ogos 2008, Pihak Berkuasa Lapangan Terbang Antarabangsa Mactan-Cebu (MCIAA/PBLTAMC) mengumumkan bahawa kira-kira 300 juta Peso Filipina akan dibelanjakan untuk program pengembangan terminal untuk menangani peningkatan jumlah trafik penumpang. Bekas pengurus besar MCIAA Danilo Augusto Francia berkata program itu juga termasuk penubuhan terminal penumpang kedua di Lapangan Terbang Antarabangsa Mactan-Cebu.[5] Pada tahun 2009, bekas pengurus besar Francia mengumumkan untuk membida awam untuk pembinaan terminal generasi baru untuk penerbangan hanya penerbangan antarabangsa.

Pada tahun 2010, Presiden Filipina yang baru dipilih, Benigno Aquino III memilih Nigel Paul Villarete sebagai Pengurus Besar baru Lapangan Terbang Antarabangsa Mactan-Cebu (MCIA)[6] dan Ketua Pegawai Eksekutif (CEO) daripada MCIA. Encik Villarete memprioritaskan penyelesaian pengembangan terminal[7] dan penyelesaian bangunan pentadbiran yang belum selesai.[8]

Berikutan Typhoon Haiyan (Yolanda), salah satu daripada taufan terbesar yang pernah direkodkan dan salah satu taufan yang paling merosakkan Filipina, lapangan terbang itu digunakan sebagai pusat operasi udara untuk usaha bantuan . Lapangan terbang terletak di pusat Visayas yang merupakan wilayah paling banyak terjejas oleh ribut terutama kepulauan Leyte dan Samar. Lapangan terbang Cebu masih tidak terjejas oleh ribut manakala lapangan terbang di Visayas Timur tidak dapat digunakan segera selepas itu.

Pada 12 November 2013, pesawat terpanjang dan paling berat di dunia, Antonov An-225 Mriya, mendarat di MCIA dari Lapangan Terbang Antarabangsa Zagreb di Croatia untuk kali pertama di Filipina untuk menyampaikan pengubah penggantian 180 tan dari syarikat tenaga Croatia KONČAR kepada kilang kuasa First Gen Corporation di Batangas City. Pegawai-pegawai Gen Pertama mendekati Pengurus Besar MCIAA, Nigel Paul Villarete untuk membenarkan Antonov An-225 menggunakan lapangan terbang untuk pengangkutan penghantaran mereka selepas pegawai-pegawai dari Lapangan Terbang Antarabangsa Clark, Lapangan Terbang Antarabangsa Ninoy Aquino di Manila, dan Lapangan Terbang Antarabangsa Subic Bay enggan membenarkan pesawat menggunakan lapangan terbang mereka.[9] According to First Gen President Francis Giles Puno, MCIA had been inspected by Antonov Airlines, the owner of the Antonov An-225 aircraft, as the most viable option for their aircraft, "after considering the combination of airport, onward land transport and sea freight."[10]