Pembinaan masjid bermula pada 1597 dengan dekri Safiye Sultan, isteri Uthmaniyyah Sultan Murad III. Ia dimulakan oleh arkitek Davut Agha, diteruskan oleh arkitek Dalgıç Ahmed Agha dan disiapkan oleh arkitek Mustafa Agha sewaktu pemerintahan Sultan Mehmed IV pada 1663. Blok-blok batu dibekalkan oleh pulau Rhodes telah digunakan pada pembinaan masjid. Pembinaan masjid hanya dapat disiapkan dalam 66 tahun oleh kerana kematian muda Selim III dan Safiye Sultan dan epidemik wabak tersebar luas di Istanbul sewaktu tahun-tahun awal pembinaan.