Mayotte adalah pulau yang paling tua antara empat pulau besar kepulauan Comoros, rangkaian bumi yang timbul dari bawah muka bumi yang berbentuk bulan sabit, di pintu masuk selat Mozambique. Ia terletak 250 km ke barat Madagaskar dan 30 km ke selatan-barat-daya Anjouan, yang boleh dilihat kadangkala sebagai bayang-bayangan pada waktu senja. Mayotte terdiri daripada beberapa pulau yang dilitupi oleh flora yang kaya, di mana dua pulau terbesar adalah Grande-Terre dan Pamandzi yang masih dipanggil Petite Terre dikelilingi oleh terumbu karang.

Terumbu karang ini yang sepanjang 160 km de long melingkari sebuah lagun sebesar 1 100 kmTemplat:2, antara yang terbesar di dunia. Ini melindungi hampir seluruh Mayotte daripada arus laut yang kuat. Lagun yang secara puratanya selebar 5 hingga 10 km mencapai kedalaman menakjubkan sehingga beberapa ratus meter. Ia ditabur ratusan pulau kecil terumbu karang seperti M'Tsamboro.Terumbu karang ini memberikan perlindungan bagi kapal-kapal dan fauna lautan yang kaya. Aktiviti gunung berapi yang pada asalnya membentuk pulau-pulau tersebut membuatkan tanah sangat subur.