Zaman kuno

Pendudukan manusia mula diperhatikan pada abad ke-8 dan ke-9 dan mereka dipercayai berasal daripada orang Swahili dari kawasan tebing sungai bahagian timur Afrika dari Somalia ke Mozambique.[7]. Mayotte dan Anjouan diduduki manusia lebih lewat kerana kedua-dua pulau ini dibezakan oleh pulau Comoros dengan evolusi linguistik yang khas. Lantas, budaya Swahili yang sampai ke pulau-pulau ini diperhatikan sebagai lebih canggih. Perdagangan maritim yang aktif pada waktu tersebut telah menampakkan hubungan dengan Timur Tengah yang berciri keislaman.

Pada abad ke-13 dan ke-15, pulau ini didominasi oleh ketua-ketua puak yang beragama Islam iaitu orang Fani. Selain itu, hubungan budaya ketara dapat diperhatikan dengan pantai Swahili dan Madagaskar.

Menjelang 1470, Kesultanan Shirazi bertapak dan kuasanya diakui sehingga awal abad ke-19. Sultan Shirazi yang terakhir diguling oleh Andriantsoly, dari dinasti Sakalava dan berasal dari Nosy Be. Dia berkuasa dari 1828 ke 1831.

Zaman moden

Pada 1503, pulau Mahore disebut oleh pasukan tentera Portugis yang mendarat dan menurut catatan jabatan laksamana Portugis, petanya dilukis oleh Diego Ribeiro pada 1527[8]. Lukisan teliti ini bantu untuk mengelak konvoi perahu lanun yang berulang-alik selama berabad-abad di Selat Mozambique. Sebab itulah sepanjang abad ke-17 dan ke-18, Mayotte bukan tempat persinggahan biasa pagi gerombolan-gerombolan kapal dan hanya menjadi tempat persinggahan kapal-kapal besar yang sesat dari Eropah yang berhati-hati kerana terpaksa singgah di Mayotte untuk mendapatkan semula bahan bekalan bagi kapal.

Dari 1742 ke 1791, Kesultanan Anjouan telah berusaha berkali-kali untuk menakluki Kesultanan Mayotte. Dari 1795 ke 1820, razzia lanun Malagasy (Sakalava dan Betsimisaraka) membunuh ramai penduduk pulau.

Pengaruh yang datang dari seluruh Lautan Hindi dan dari Afrika, serta kemasukan orang Bantu dan dari pantai Malagasy terus membentuk masyarakat pulau Swahili. Kedatangan orang Bantu dan Malagasy bermula sedikit demi sedikit[9]. Kemudian, orang Malagasy, terutamanya Sakalava, menguasai bahagian Selatan dan sebahagian timur pulau.

Selepas 1832, Mayotte berada di bawah kuasa Andriantsoly, bekas raja Sakalava dari kerajaan Boina di Madagaskar, yang dipanggil oleh Sultan Shirazi dari Mahore dan penduduk barat Malagasy untuk menyelesaikan persengketaan sesama mereka serta mengelakkan kacau-bilau dari luar. Andrian Souly, yang merupakan perajurit mualaf yang berkahwin dengan anak perempuan Sultan serta duta yang dihormati oleh masyarakat Swahili dan Malagasy telah diikitiraf menjadi Sultan pulau di mana dia berusaha mengekalkan kedaulatan pulau tersebut daripada ancaman dan perseturuan yang berterusan. Semenjak pengambilan Nosy Be (Madagaskar) pada 1840 oleh pihak Perancis, mereka mengiktiraf kedaulatan Sultan tersebut, bekas raja Sakalava, di Mayotte yang meminta perlindungan maritim.

Kehadiran orang Perancis

Mayotte menjadi jajahan Perancis selepas ia dijual oleh sultan yang tua pada 25 April 1841, sementara persaingan Perancis-British untuk menguasai pulau-pulau lain bermula dengan perlahan sebelum akhirnya berpihak kepada Perancis[10]. Pada 1886, pulau-pulau Grande Comore, Mohéli dan Anjouan menjadi negeri-negeri naungan di bawah kuasa Gabenor Mayotte sementara status Mayotte kekal menjadi jajahan. Dari 1908, seluruh pulau Comoros disatukan di bawah kuasa kerajaan jeneral Madagaskar dan negeri-negeri pergantungannya.

Pada 1946, Comoros telah dipisahkan daripada Madagaskar dan menjadi wilayah seberang laut. Setelah menolak kemerdekaan selepas pungutan suara pada 1958 oleh Jeneral De Gaulle, Comoros mendapat status autonomi dalaman pada 22 Disember 1961 (di mana ia diluaskan lagi pada 1968). Status autonomi dalaman ini telah membenarkan pembentukan Kerajaan Comoros yang dilantik oleh Badan Wilayah. Dari 1961 ke 1970, bekas wakil rakyat Said Mohamed Cheikh dilantik menjadi Presiden Majlis Kerajaan sehingga kematian beliau pada 16 Mac 1970. Sewaktu pemerintahan beliaulah, pada 1966, yang ibu negeri Dzaoudzi (Mayotte) dipindahkan ke Moroni, lapan tahun selepas keputusan mengenai pemindahannya[11].

Pada waktu itu juga telah lahir pergerakan-pergerakan politik pertama yang mencabar kuasa Saïd Mohamed Cheikh dan ada di antaranya yang menuntut kemerdekaan. Yang lain, seperti Mouvement Populaire Mahorais (Pergerakan Rakyat Mayotte) menuntut dari awal lagi lebih autonomi berbanding dengan pulau-pulau lain. Seterusnya, pergerakan tersebut menjadi lebih radikal dan menuntut pemisahan Mayotte dan pulau-pulau lain terutamanya perubahan status Mayotte kepada jabatan Perancis.Pergerakan ini ditubuh pada 1958 di bawah nama UDIM (Union pour la Défense des Intérêts de Mayotte atau dalam bahasa Melayu, Kesatuan untuk Mempertahankan Kepentingan Mayotte) oleh penduduk creole asal Sainte-Marie, Georges Nahouda.Setelah kematiannya pada 1958, anak saudaranya, Marcel Henry, mengambil alih dengan pembentukan MPM.Walaupun dikaitkan dengan kumpulan elit orang Mayotte (antaranya termasuk Younoussa Bamana), Marcel Henry meneruskan perjuangan habis-habisan untuk Mayotte Perancis. MPM mendapat sokongan sebahagian besar kelas politik Perancis, setelah disokong oleh pergerakan Perancis politik royalis Action Française yang diketuai Alain Poher.

Namun begitu, pada tahun 60-an, pergerakan-pergerakan politik lain wujud antaranya parti Serrez-la-main (Berjabat tangan). Parti ini menuntut kemerdekaan Mayotte daripada Perancis. Beberapa pertengkaran berlaku antara parti ini dan MPM.

Pada 25 Ogos 1972, komiti khas untuk proses dekolonisasi oleh Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu menyenarai kepulauan Comoros sebagai wilayah-wilayah yang layak mempunyai pemerintahan bersendiri. Pada 15 Jun 1973, Perancis dan Comoros menandatangani perjanjian berkaitan kemerdekaan Comoros. Pada 22 Disember 1974, Perancis menguruskan satu pungutan suara bagi Comoros untuk menentukan sama ada penduduknya bersetuju untuk memperoleh kemerdekaan. Pungutan suara ini menentukan status baru berdasarkan jawapan bagi wilayah Comoros dan Mayotte. Namun demikian, Mayotte menyetujui secara majoritinya iaitu seramai 90 % untuk mengekalkan Comoros sebagai sebahagian Republik Perancis. Akibat pembahagian dalaman pendapat, kerajaan Perancis tidak mengambil kira keputusan pungutan suara ini dan mencadangkan pungutan suara yang baru yang dijalankan berasingan mengikut pulau. Akan tetapi, Presiden Majlis Kerajaan, Ahmed Abdallah, mengisytiharkan juga kemerdekaan Comoros tanpa persetujuan Perancis dan Mayotte kekal di bawah pentadbiran Perancis.

Kesatuan Comoros menuntut Mayotte dan menolak pembahagian kedua-dua pulau tersebut. Kesatuan Afrika menganggap Mayotte sebagai sebuah jajahan yang diduduki kuasa luar[12].

Pungutan suara kedua diadakan pada 8 Februari 1976[13] · [14], yang diakui oleh majoriti tinggi 99,4% (82,3% yang berdaftar) pilihan untuk penduduk Mayotte untuk kekal sebagai sebahagian Republik Perancis. Perhimpunan Agung Pertubuhan bangsa Bersatu menganggap pungutan suara ini sebagai tidak sah dan mengutuk kehadiran Perancis di Mayotte[15]. PBB menekankan pengumuman 14 Disember 1960, « mengenai pemberian kemerdekaan kepada negara dan orang yang dijajah », point nombor 6 mengenai pengekalan keseluruhan wilayah (Comoros dan Mayotte dalam kes ini), walaupun point nombor 2 berkenaan hak untuk pemerintahan sendiri. Dalam resolusi 6 Disember 1994[16], Perhimpunan Pertubuhan bangsa Bersatu mengingatkan dan mengesahkan Mayotte sebagai hak milik Comoros. Sejak 1995, persoalan mengenai Mayotte tidak lagi dibincangkan dalam Perhimpunan Agung Pertubuhan bangsa Bersatu.

Berikutan pungutan suara mengenai kenaikan taraf Mayotte sebagai jabatan Perancis pada 29 Mac 2009, Mayotte telah diangkat taraf pada 2011 kepada jabatan Perancis lantas menjadi jabatan Perancis ke-101 dan jabatan seberang laut Perancis ke-5. Sebelum itu, pungutan suara ini telah dikritik hebat oleh Presiden Kesatuan Comoros pada 2008[17] walaupun 95.2 % daripada pengundi (daripada 57% penduduk yang berdaftar) telah mengesahkan keinginan mereka untuk kekal sebagai sebahagian daripada wilayah Perancis.