Mendeley, dinamakan bersemperna nama seorang ahli biologi, Gregor Mendel dan ahli kimia, Dmitri Mendeleyev. [5] Mendeley telah dibangunkan pada November 2007 oleh tiga orang mahasiswa PhD Jerman. Mereka telah membentuk kumpulan yang terdiri daripada pelbagai latar belakang untuk memberi sumbangan dalam membangunkan aplikasi ini. Pada Januari 2008, versi pertama di perkenalkan kepada umum. Mereka menerima pelaburan dari mantan pengerusi eksekutif Last.fm, jurutera [[Skype] dan bekas Ketua Strategi di Warner Music Group, serta ahli akademikd ari Universiti Cambridge dan Universiti Johns Hopkins.

Mendeley telah memenangi beberapa anugerah pada tahun 2009: Plugg.eu "European Start-up of the Year 2009",[6][7] TechCrunch Europas "Best Social Innovation Which Benefits Society 2009",[8] and The Guardian meletakkannya di tangga ke-6 dalam "100 syarikat media tech terkemuka".[9]

Pada 23 September 2013, Mendeley mengumumkan aplikasi percuma untuk pengguna iPhone dan iPad.

Pada tahun 2013, Mendeley telah dibeli oleh Elsevier.