Setelah tamat pengajian, Min Aung Hlaing terus berkhidmat di berbagai jawatan komander, naik perlahan-lahan melalui pangkat.[11] Pada awal kerjayanya, rakan sekerja tentera memberinya nama panggilan yang merujuk kepada kotoran kucing, "sesuatu yang disimpan dengan tenang tetapi meninggalkan bau busuk."[12] Ketika beliau dinaikkan pangkat, Min Aung Hlaing memperoleh reputasi sebagai seorang yang di pihak garis keras.[8]

Pada 2002, beliau dinaikkan pangkat menjadi komander Kawasan Wilayah Segitiga di Timur Negeri Shan dan merupakan tokoh utama dalam perundingan dengan dua kumpulan pemberontak, Tentera Bersatu Negeri Wa (UWSA) dan Tentera Perikatan Kebangsaan Demokratik (NDAA).[8] Min Aung Hlaing dilaporkan sebagai seseorang yang dekat dengan Perdana Menteri Thailand Prem Tinsulanonda, menganggap Prem sebagai tokoh seorang ayah.[13][14]

Min Aung Hlaing menyokong tindakan keras tentera terhadap Revolusi Saffron pada 2008.[8] Beliau menjadi terkenal pada 2009 setelah memimpin serangan terhadap tentera Tentera Perikatan Demokratik Bangsa-Bangsa Myanmar di Kokang.[15] Pada Jun 2010, Min Aung Hlaing menggantikan Jeneral Shwe Mann sebagai Ketua Staf Bersama Tentera Darat, Tentera Laut, dan Tentera Udara.[8]