Kerr dilahirkan di Sydney[5] dan dibesarkan di Gunnedah, New South Wales.[6] Beliau ialah anak perempuan kepada pasangan Therese dan John Kerr. Beliau mempunyai seorang adik, Matthew, yang dua tahun lebih muda. Dalam temu bual, Kerr menyatakan bahawa keturunannya kebanyakannya Inggeris, dengan jumlah keturunan Scotland dan Perancis yang lebih kecil.[7] Semasa zaman kanak-kanaknya, Kerr "berlumba motosikal dan menunggang kuda di ladang neneknya". Beliau menerangkan kehidupan awalnya di pedalaman Australia sebagai "amat mendalam... tidak ada yang benar-benar peduli apa yang anda gunakan. Jadilah diri sendiri."[8][9]

Keluarganya berpindah ke Brisbane untuk membolehkan Kerr dan adiknya menjalani kehidupan bandar. Beliau tamat belajar dari All Hallows' School pada tahun 2000. Kerr mempelajari bidang pemakanan dan psikologi kesihatan sebelum menceburi pemodelan.[10]