Dari 1981-1986 beliau menjadi Setiausaha Sulit Kanan Musa Hitam, Menteri Dalam Negeri, termasuk pada waktu Peristiwa Memali 1985. Dari tahun 1991-1993, beliau menjadi Ketua Penolong Pengarah Unit Perancangan Ekonomi Perak. Tahun 1993 beliau dilantik sebagai Pengurus Besar Yayasan Perak dan bersara pada 1999.

Sejak Februari 2004, Dato’ Mohd Annuar bin Zaini menjadi Pengerusi Bernama. Sejak 2004 DYMM Sultan Perak melantik beliau sebagai Ahli Dewan Negara Perak. Kemudian dipilih menjadi Distinguished Fellow kepada Institut Kajian Strategik Dan Hubungan Antarabangsa (ISIS) dan ahli Lembaga Penasihat Biro Pengaduan Awam di Jabatan Perdana Menteri.

Dato’ Mohd Annuar bin Zaini telah dilantik sebagai Penasihat Khas kepada Perdana Menteri mengenai Wilayah Ekonomi Koridor Utara mulai 30 Ogos 2007 dan sebagai Ketua Eksekutif mulai 1 September 2008.[1]

Selepas bersara dari perkhidmatan awam, beliau menjadi ahli Lembaga Pengarah syarikat Berjaya Group, milik taikun Vincent Tan. Selain itu beliau menjadi pengerusi Metropolitan Utilities Corporation Sdn Bhd.