Parti politik pertama yang disertai oleh Dr. Puad Zarkashi ialah PAS sebelum menyertai UMNO. [perlu rujukan] Mulai 1997, beliau dilantik sebagai Setiausaha Kerja UMNO Negeri Johor dan Setiausaha Politik Menteri Besar Johor,Dato Abdul Ghani Othman . kemudian beliau berjaya jadi Ketua UMNO Bahagian Batu Pahat mengalahkan Datuk Zainal Abidin Zin. Beliau juga pernah dilantik sebagai Senator di Dewan Negara pada 13 Oktober 2004.[1]

Dalam Pilihan Raya Umum Malaysia 2008 beliau mengalahkan calon dari PAS, Muhamad Abdullah dengan majoriti sebanyak 12,704 undi di parlimen Batu Pahat. Beliau memperolehi 32,461 undi berbanding lawannya memperolehi hanya 19,757 undi. Dalam pilihan raya 2004,Dr. Junaidy Abd Wahab dari Terengganu bertanding di Batu Pahat dan mendapat majoriti 29,102 undi.[2]

Pada 2008 beliau dilantik menjadi Timbalan Presiden, BN Back Benchers Club (BNBBC) dan turut serta dalam rombongan 49 ahli parlimen Barisan Nasional ke Taipei,Taiwan bagi mempelajari teknologi pertanian pada 16 September 2008 .

Pada PRU-13, beliau yang bertanding sebagai jawatan Ahli Parlimen Batu Pahat telah tewas kepada Mohd Idris bin Jusi dengan majoriti undian sebanyak 1,732.