Mokhtar mula dikesan menghidapi masalah tekak dan dihantar ke hospital untuk mengetahui masalahnya. Doktor mengesahkan beliau menghidap penyakit neuron motor (MND). Keadaannya diberitahu hanya kepada Mokhtar dan isterinya, Tengku Zarina. Mohktar pergi ke London, England bersama isterinya dalam usaha untuk menyembuhkan keadaannya.

Selepas 3 tahun bertarung dengan penyakit ini, Mokhtar meninggal dunia di Pusat Perubatan Subang Jaya (SJMC) pada 11 Julai 1991. Akhbar melaporkan penderitaan Mokhtar kesan distrofi otot dan seterusnya kematian beliau. Jenazah beliau dikebumikan di Tanah Perkuburan Islam Taman Keramat Permai di Taman Keramat, Ampang, Selangor.[35][36][37]

Kisah hidup dan sebab kematiannya didedahkan buat pertama kali dalam dokumentari bertajuk The Untold Truth About Supermokh di saluran National Geographic Channel pada 30 Ogos 2010, menampilkan keluarga dan kenalan Allahyarham.[38]