Akibat pelbagai masalah yang timbul, perkhidmatan monorel ini pernah dihentikan selama beberapa bulan.[4] Perkhidmatan ini telah tergendala sekurang-kurangnya 22 kali setakat November 2011.[5]

Kelemahan Melaka Monorel merujuk kepada beberapa kejadian Melaka Monorail terhenti di tengah perjalanan pada 2010 dan 2011. Monorel sepanjang 1.6 km ini dibina di sepanjang Sungai Melaka, bukan untuk tujuan pengangkutan awam tetapi lebih kepada tarikan pelancongan.

Pada 2010, 20 penumpang terperangkap di dalam gerabak monorel apabila ia terhenti kira-kira 100 meter dari Stesen Hang Jebat. Padahal ia baru dilancarkan pada Oktober 2010.

Pada 1 November 2011, gerabak Melaka Monorel terhenti secara tiba-tiba dan mengakibatkan dua orang pelancong Britain terperangkap selama 1 jam. Bekas anggota polis, James Craft, 57 dan isterinya, Anne Craft yang ingin melihat keindahan panorama bandaraya Melaka terpaksa membatalkan niat mereka. Gerabak berhenti hanya setelah 20 meter meninggalkan Stesen Hang Jebat di Melaka dalam kejadian kira-kira jam 1.09 tengahari, 1 November 2011.

Jabatan Bomba dan Penyelamat Melaka berjaya menurunkan mereka menggunakan tangga. Pihak monorel telah memulangkan bayaran tiket dan memberi mereka cenderahati serta memberi mereka tiket menaiki Menara Taming Sari pula. Ketua Pegawai Eksekutif Menara Taming Sari, iaitu pengendali perkhidmatan itu, Nazry Ahmad menjelaskan bahawa kejadian itu disebabkan masalah pam pada salah satu pintu gerabak. Sistem monorel secara automatik akan menghentikan operasi apabila pintu gerabak tidak ditutup.

Ketua Pegawai Operasi Suruhanjaya Pengangkutan Awam Darat (SPAD), Azhar Ahmad menjelaskan bahawa Melaka Monorel diberhentikan sementara demi menjaga imej pelancongan di mata dunia. Lima jurutera SPAD dan prasarana KL Monorail mendapati operator monorel gagal memenuhi beberapa spefikasi utama keselamatan penumpang. SPAD mencadangkan kenderaan berkren yang dikenali sebagai "cherry picker" untuk mengangkut penumpang yang terkandas sekiranya monorel itu tidak dapat bergerak. Monorel buatan China itu patut ada manual berbahasa Melayu atau Inggeris bagi memudahkan pembaikan dan penyelenggaraan jika berlaku kerosakan. Cengkaman tayar tidak kuat terutama pada waktu hujan. Penggunaan tangga setinggi lima meter milik Jabatan Bomba tidak sesuai untuk menyelamatkan mangsa.[6][7][8]