Nanjing telah menjadi pusat pendidikan negara China untuk lebih dari seribu tahun. Pada masa ini, ia mempunyai institusi pendidikan yang terunggul di rantau ini yang tersenarai di bawah；

Nasional

• Universiti Nanjing (南京大学) (bermula pada 258, diasaskan secara moden pada 1902)
• Universiti Tenggara (东南大学)
• Universiti Ho Hai (河海大学)
• Universiti Pertanian Nanjing (南京农业大学)
• Universiti Farmasi China (中国药科大学)
• Universiti Sains dan Teknologi Nanjing (南京理工大学)
• Universiti Kaji Penerbangan dan Angkasawan Nanjing (南京航空航天大学)

Awam

• Universiti Teknologi Nanjing (南京工业大学)
• Universiti Perhutanan Nanjing (南京林业大学)
• Universiti Perubatan Tradisional Cina Nanjing(南京中医药大学)
• Universiti Normal Nanjing (南京师范大学)
• Universiti Kewangan dan Ekonomi Nanjing (南京财经大学)
• University Pos dan Telekomunikasi Nanjing (南京邮电学院)
• Institut Kajicuaca Nanjing (南京气象学院)
• Institut Pendidikan Jasmani Nanjing (南京体育学院)
• Institut Kesenian Nanjing (南京艺术学院)
• Universiti Audit Nanjing (南京审计学院)
• Kolej Xiaozhuang Nanjing (南京晓庄学院)
• Institut Teknologi Jinling (金陵科技学院)

Swasta

• Universiti Sanjiang (三江学院)