Ne Win telah berkahwin enam kali:Isteri pertama ialah Daw Than Nyunt, yang melahirkan Kyaw Thein.Isteri kedua ialah Tin Tin yang melahirkan dua orang anak lelaki, Ngwe Soe dan Aye Aung.Isteri ketiga ialah Khin Mei Than (Katie Ba Than), anak perempuan Profesor Ba Than, bekas Dekan Sekolah Perubatan Rangoon .Mereka mendapat dua anak perempuan dan seorang anak lelaki iaitu Sandar Win , Kye Mon Win, dan Phyo Wai Win. Khin Mei Than

Kemudian beliau berkahwin dengan Ni Ni Myint, seorang pensyarah universiti tetapi bercerai. Beliau kemudian berkahwin dengan Jun Rose Bellamy (Yadana Natmei), cucu Putera mahkota Ka Naung . Dia berkahwin semula bekas isterinya Ni Ni Myint.