Ketika masih di bawah tahanan rumah , Ne Win meninggal dunia pada 5 Disember 2002 di rumah tepi tasik di Yangon. Ne Win tidak diberikan penghormatan sebagai ketua negara Burma.Hanya tiga puluh orang menghadiri pengebumian.

Anak perempuan Ne Win iaitu Sandar Win dibenarkan sementara dari tahanan rumah untuk menghadiri pengebumian dan pembakaran mayat beliau. Abu mayat ayahnya dilempar ke dalam Sungai Hlaing.