Ekonomi Niigata didokong oleh perdagangan dan jasa serta industri besar petrokimia. Hasil pertanian juga menjadi sumber ekonomi untuk daerah-daerah di pedesaan. Selain beras, lobak Jepun dan bunga juga sangat banyak dikembangkan di sini. Bagi penduduk Jepun, kota Niigata terkenal dengan sake dan berasnya yang enak serta sebagai kota untuk tempat bermain ski pada saat musim sejuk.

Pelabuhan di Niigata adalah satu dari lima pelabuhan antarabangsa yang dibuka pada tahun 1868 setelah pemulihan Meiji. Sejak saat itu, Niigata mengembangkan pelabuhannya menjadi salah satu pelabuhan antarabangsa terpenting di Jepun.