PT Kereta Api Indonesia (Persero) mengendalikan kereta api di kawasan-kawasan wilayah Aceh, Sumatera Utara, Sumatera Barat, Sumatera Selatan dan Lampung serta semua wilayah di Jawa.

Jalur-jalur utama ini menghubungkan bandar Medan dengan Rantauprapat, Padang dengan Pariaman]], Bandar Lampung dengan Lubuklinggau dan Palembang, Jakarta dengan Surabaya melalui Semarang maupun Yogyakarta, dan Surabaya dan Malang dan Banyuwangi.

Panjang keseluruhan jalur kereta api di Indonesia adalah 7583 kilometer. Lebih dari 2500 kilometer pusat telah ditutup, sebahagian besarnya adalah pusat cabang yang dianggap tidak menguntungkan bila tetap dipergunakan. Pada saat ini (2008) Jabatan Perhubungan sedang melakukan pembangunan pusat ganda di Pulau Jawa, yang diharapkan akan selesai pada tahun 2025. Jalur yang sudah diselesaikan adalah Jakarta-Cirebon, Cikampek-Purwakarta, Kutoarjo-Surakarta dan Tegal-Brebes. Pada saat ini pusat Brebes-Pemalang, Kutoarjo-Kroya dan Kroya-Prupuk sedang dikerjakan.