!Artikel utama untuk bagian ini adalah: Kereta komuter

Komuter adalah kereta api yang beroperasi dalam jarak dekat, menghubungkan bandar besar dengan bandar-bandar kecil di sekitarnya atau dua bandar yang berdekatan. Penumpang kereta ini kebanyakan adalah para penglaju berkemampuan, bermobiliti tinggi yang pulang-pergi dalam sehari, misalnya ke tempat kerja atau sekolah. Tidak hairanlah apabila frekuensi perjalanan komuter termasuk tinggi dan jumlah penumpangnya juga paling banyak dibanding kereta jenis lain.

Di Indonesia, rangkaian komuter masih menjadi satu dengan kereta api jarak jauh, bahkan kebanyakan rangkaian kereta apinya juga diambil dari bekas kereta api jarak jauh. Walaupun demikian, kerajaan saat ini sedang mempersiapkan pembangunan rangkaian kereta api komuter yang lebih canggih, seperti monorel, kereta bawah tanah, maupun Mass Rapid Transit (MRT) yang rencananya akan dibangun di Jakarta dan Surabaya.

Komuter umumnya dilayan oleh rangkaian kereta api ekonomi, tetapi beberapa sudah ada yang dilayani oleh kereta kelas perniagaan bahkan kelas eksekutif, seperti kereta api Pakuan jurusan Jakarta-Bogor. Jalur-jalur kereta komuter yang ada di Indonesia antara lain:

• KRL Jabotabek, merupakan pusat komuter tertua di Indonesia yang melingkupi daerah Jakarta Raya, melayani para penglaju dari Jakarta ke Bogor, Depok, Tangerang, dan Bekasi, termasuk pusat cabang ke Serpong dan Karawang.
• Kereta api ekonomi jurusan Rangkasbitung-Merak dan Cikampek-Purwakarta.
• Kereta Tempatan Bandung Raya yang melayani laluan Padalarang-Bandung-Cicalengka hingga Cibatu, Garut.
• Kereta Tempatan Surabaya yang melayani laluan Surabaya-Lamongan, Surabaya-Sidoarjo, dan Surabaya-Mojokerto.