Peranan PASKAL adalah melancarkan operasi membebaskan kawasan perairan, darat dan udara daripada cengkaman pihak musuh. PASKAL dilatih dengan pelbagai teknik operasi maritim seperti membanteras lanun, memusnahkan rampasan ke atas kapal dan pelantar minyak. Lebih 30 pelantar petroleum diperairan Malaysia adalah dibawah kawalan dan seliaan PASKAL. Kini, PASKAL mempunyai kemampuan untuk menjalani latihan khas di kesemua pelantar petroleum diseluruh perairan Malaysia.

Misi PASKAL juga terdiri daripada operasi dipantai, pengintipan dan perisikan khas, letupan khas dan sabotaj. PASKAL turut berkebolehan dalam operasi didarat untuk serangan amfibia daripada tentera darat, melakukan serangan komando ke atas kapal di pelabuhan musuh, operasi dikapal khas, kepakaran anti-pengganas, operasi membersihkan periuk api didarat mahupun diperairan dan menyertai operasi bersepadu dengan pasukan elit tentera darat seperti teknik penerjunan bebas.

Keanggotaan PASKAL turut diletakkan dibawah pejabat seliaan khas di Pulau Layang-Layang dibawah pengawasan kapal TLDM. Sepertimana unit elit yang lain misalnya SEAL Amerika, PASKAL dilengkapi dengan persenjataan dan kelengkapan khas seperti submesingan dan amunisi khusus dan mempunyai peralatan khas bagi pengoperasian dibawah permukaan air. Antara kelengkapan khas PASKAL adalah motor selam mini yang mana adalah salah satu kenderaan khusus yang dikenali sebagai UDV - Underwater Delivery Vehicle, bot laju dan kenderaan marin yang lain. Subskimmer adalah kenderaan selam yang terbaik digunakan untuk menyusup ke dalam air tanpa dikesan. Selain itu, PASKAL turut mempunyai misi khusus dalam memerlukan kepakaran dalam tugas keselamatan negara.

Sebahagian daripada pengawal peribadi SPB YDA adalah terdiri dari anggota PASKAL yang telah menjalani latihan di USA.