Tanggungjawab untuk mentadbir pelabuhan ini dipikul oleh seorang pengarah Marin (Director of Marine). Jawatankuasa Operasi Pelabuhan (Port Operations Committee) akan menasihati beliau dalam segala hal ehwal berkaitan operasi pelabuhan, kecuali hal ehwal yang menjadi tanggungjawab Jawatankuasa Penasihat Pemaliman (Pilotage Advisory Committee) dan Jawatankuasa Penasihat Sementara Kapal Tempatan (Provisional Local Vessels Advisory Committee). Majlis Pembangunan Pelabuhan Hong Kong (The Hong Kong Port Development Council) menasihati kerajaan dalam hal berkaitan perancangan dan pembangunan pelabuhan, dan mempromosikan Hong Kong sebagai hab serantau dan pelabuhan kontena terunggul di dunia. Sementara itu, Majlis Industri Maritim Hong Kong (Hong Kong Maritime Industry Council) menasihati kerajaan tentang pendekatan untuk memajukan lagi industri maritim Hong Kong dan untuk mempromosikan kedudukan Hong Kong sebagai pusat maritim antarabangsa. Kedua-dua majlis dipengerusikan oleh Setiausaha Buruh dan Pembangunan Ekonomi (Secretary for Economic Development and Labour). Jabatan Marin (Marine Department) bertanggungjawab memastikan kemasukan kapal ke pelabuhan, operasi di pelabuhan dan pelayaran keluar kapal berjalan dengan lancar dan selamat. Perhatian juga diberikan kepada piawai keselamatan untuk semua kelas dan jenis kapal, dari kapal tangki minyak terbesar kepada sampan-sampan penumpang. Ia juga menyelenggara alat bantuan pengemudian dan boya untuk kapal laut, menguruskan dua terminal feri rentas sempadan dan mentadbir lapan kawasan pengendalian kargo awam.