800 tahun selepas Perang Salib Keempat, Paus John Paul II melahirkan perasaan sedih ke atas apa yang berlaku. Pada tahun 2001, beliau menulis surat kepada Christodoulus, Paderi Besar Athens: "Tragis sungguh apabila penyerang, iaitu mereka yang berangkat untuk membebaskan laluan masuk untuk orang Kristian ke tanah suci, menikam saudara seagama mereka sendiri. Bahawa mereka ini Kristian Latin membuatkan penganut Katolik amat menyesal."[7]

Pada bulan April 2004, dalam ucapan sempena ulangtahun ke-800 penawanan kota, Ketua Ecumnical Bartholomew I secara rasmi menerima permohonan meminta maaf tersebut. Bartholomew mengatakan beliau menerima permohonan maaf berdasarkan semangat Pascha (Easter). [8]

Perang Salib Keempat adalah salah satu antara Perang Salib terakhir yang dipimpin oleh pihak Paus walaupun ia juga tidak dapat dikawal oleh Paus sendiri. Selepas perselisihan faham antara orang biasa dan gereja yang membawa kepada kegagalan Perang Salib Kelima, Perang Salib seterusnya dipimpin oleh raja-raja, kebanyakannya menentang Mesir. Hanya Perang Salib Keenam berjaya menawan Jerusalem, itu pun dalam masa yang singkat. Akibat dari kejadian seperti ini, Perang Salib menjadi perang yang dipengaruhi faktor politik dan ekonomi serta lebih kepada untuk mengaut keuntungan dunia dan bukannya kerana semangat keagamaan.