PSSI telah diasaskan oleh seorang jurutera awam bernama Soeratin Sosrosoegondo, yang telah memperolehi ijazahnya di Jerman dan kembali ke Indonesia pada tahun 1928. Di Indonesia, beliau bekerja di sebuah syarikat Belanda di Yogyakarta dan telah menjadi orang Indonesia yang pertama bekerja di syarikat itu. Walau bagaimanapun, kemudiannya dia berhenti bekerja dari syarikat tersebut dan menjadi lebih aktif di dalam pergerakan revolusi. Sebagai seorang yang mencintai bola sepak, beliau sedar bahawa bola sepak boleh menjadi "senjata" Indonesia untuk mengumpulkan lelaki-lelaki Indonesia dan memaksa koloni Belanda untuk keluar dari Indonesia.

Untuk menjayakan misinya, Soeratin telah mengadakan banyak pertemuan dengan pemain-pemain bola sepak profesional Indonesia pada masa itu, kebanyakan melalui kenalan peribadi oleh kerana mereka mahu mengelak daripada polis Belanda. Kemudian, di dalam satu pertemuan yang diadakan di Jakarta dengan Soeri, ketua Vetbalbond Indonesische Jakarta (VIJ), dan pemain-pemain lain, mereka memutuskan untuk mengasaskan sebuah organisasi bola sepak kebangsaan. Pada April 19, 1930, kebanyakan semua bukan organisasi kebangsaan, seperti Voetbalbond Indonesische Jakarta (Jakarta), Bandoengsche Indonesische Voetbal Bond (Bandung), Persatuan Sepakbola Mataram (Yogyakarta), Madioensche Voetbal Bond (Madiun), Indonesische Voetbal Bond Magelang (Magelang), Soerabajashe Indonesische Voetbal Bond (Surabaya), dan Vortenlandsche Voetbal Bond (Solo) telah berkumpul pada mesyuarat akhir dan mengasaskan Persatoean Sepakbola Seloeroeh Indonesia (Football Association of Indonesia atau PSSI) dengan Soeratin sebagai pemimpin yang pertama.

Di dalam tahun-tahun awal PSSI, kebanyakannya mereka menggunakan bola sepak sebagai kaedah untuk mencegah kawalan Belanda ke atas koloni dengan mengumpulkan semua pemain bola sepak yang kebanyakannya lelaki. Pada tahun 1936, NIVB telah berubah menjadi NIVU (Nederlandsh Indische Voetbal Unie) dan kerjasama dengan Belanda telah bermula. Pada tahun 1938, dengan "Dutch East Indies" sebagai satu nama, NIVU telah menghantar pasukan mereka ke Piala Dunia 1938. Bagaimanapun, kebanyakan daripada para pemain datangnya dari NIVU, di sebalik PSSI, walaupun terdapat 9 pemain Tionghoa/"pribumi". Hasilnya, Soeratin menyarakan rasa tidak puas hatinya kerana beliau menghendaki satu perlawanan di antara NIVU dan PSSI sebelum piala dunia. Tambahan lagi, beliau juga berasa malu kerana bendera yang digunakan di piala dunia adalah bendera NIVU (Belanda). Kemudian Soeratin telah membatalkan perjanjian di antara NIVU dan Muhammad Rizki pada kongres PSSI pada tahun 1939 di Solo.

Apabila tentera Jepun datang ke Indonesia, PSSI telah menjadi tidak aktif kerana Jepun telah mengklasifikasikan PSSI sebagai organisasi Tai Iku Kai's , atau sebuah persatuan sukan Jepun.