Pada awal penganjurannya, tiada format khusus yang ditetapkan kerana hanya pasukan Melayu Utara dan Melayu Selatan sahaja yang bermain. Kejohanan ini tidak diadakan pada tahun 1970, 1971, 1976 dan 1977. Mulai tahun 1978 Piala Agong telah dihidupkan semula dan dijadikan rebutan antara pasukan-pasukan yang berjaya melayakkan diri ke Pertandingan Akhir Piala Emas Raja-Raja. Pada tahun berikut dan seterusnya Johan Piala Agong bertemu dengan Johan Piala Emas Raja-Raja hinggalah tahun 1984.

Kebawah Duli Yang Maha Mulia Sultan Pahang, Sultan Haji Ahmad Shah Al-Musta'in Billah Ibni Al-Marhum Sultan Abu Bakar Ri'ayatudin Al-Mu'adzam Shah telah berkenan mengurniakan Piala Agong yang baru. Oleh yang demikian satu format telah diperkenalkan pada tahun 1985 di mana empat pasukan yang layak ke peringkat separuh akhir dalam Pertandingan Piala Emas Raja-Raja adalah juga berhak memasuki Pesta Bolasepak Piala Agong hingga ke tahun 1988. Pada tahun 1989 format pertandingan ini diubah lagi dan kembali seperti tahun 1978-1984 iaitu Johan Piala Agong bertemu dengan Johan Piala Emas Raja-Raja.