Pulau ini pernah sama-sama dituntut oleh Malaysia dan Indonesia. Isu tersebut telah dibawa kepada Mahkamah Keadilan Antarabangsa. Dengan bukti yang disiapkan Malaysia dan dengan sokongan British, Mahkamah Keadilan Antarabangsa menyerahkan Pulau Sipadan kepada Malaysia bersama-sama dengan Pulau Ligitan pada 2003. Keputusan ini berdasarkan "penguasaan berkesan" (effective occupation) yang ditunjukkan oleh British (bekas pengkoloni Malaysia sebelum ini), dan ketiadaan tuntutan yang lebih baik. Kerajaan Indonesia mengulas rasa sangat kecewa di atas keputusan tersebut.