Sehingga 2017, terdapat 15 orang pengetua yang telah berkhidmat di Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Tun Perak, iaitu:

1. En Sulaiman bin Md Atan (10 Januari 1965 - 31 November 1969)
2. En Abdul Aziz bin Tapa (1 Disember 1969 - 31 Disember 1972)
3. En Jamadi bin Alias (1 Januari 1973 - 30 September 1979)
4. En Amat bin Absah (1 Januari 1979 - 15 April 1986)
5. Tn Hj Rokhani bin Mangi (16 April 1986 - 16 Ogos 1989)
6. Tn Hj Othman bin Hj Hassan (17 Ogos 1989 - 01 Disember 1993)
7. Tn Hj Mahmor bin Osman (2 Disember 1993 - 30 April 2001)
8. Tn Hj Mustadza bin Hj Md Yusod (1 Mei 2001 - 31 Mei 2003)
9. Pn Hjh Hazizah binti Mat Salleh (1 Jun 2003 - 31 Jun 2006)
10. Pn Hjh Maznah binti Mohd Nor (1 Julai 2006 - 31 Julai 2008)
11. Tn Hj Muhd Hairi bin Tamam (1 Januari 2012 - 31 Mei 2012)
12. Pn Juariah binti Yunus (1 Jun 2012 - 18 Disember 2014)
13. Tn Hj Ismail bin Mohmd (19 Disember 2014 - 26 April 2016)
14. Pn Hatina binti Yaakob (27 April 2016 - 02 November 2017)
15. Ustaz Mohd Khairuddin Bin Yusop (13 November 2017 - kini)