Setakat ini SBPL / SM Sains Labuan telah ditadbirkan oleh sembilan orang pengetua.

1. Dr. Hamdan Mohammed ( Oktober 1985-September 1990)
2. En. Zakaria Jap (Januari 1991-September 1992)
3. Tuan Haji Mamat @ Ismail Abdullah (Oktober 1992-Mac 1995)
4. Tuan Haji Sayed Muhammad bin Sayed Ahmad (Mac 1995-Disember 1996)
5. Puan Maznah (Febuari 1997-Mei 1999)
6. Tuan Razali bin Mohd. Tahir (Jun 1999-Ogos 2002)
7. Puan Sherfah Fatimah Hayaty binti Ismail (2002 – 2006)
8. Tuan Haji Ali bin Haji Deros (2006 – hingga Feb 2011)
9. Tuan Haji Mahamad Shukri bin Said (Mei 2011 hingga sekarang)