Sekolah Menengah Sains Labuan pada mulanya ditubuhkan sebagai Sekolah Berasrama Penuh Labuan. Pembinaan bangunan = sekolah ini bermula pada tahun 1983. Pada awal tahun 1985, sekolah ini dijangka sudah boleh digunakan pada bulan Julai. Dengan itu seorang pegawai dari Unit Sekolah Berasrama Penuh, Kementerian Pendidikan Malaysia iaitu Encik Mohd. Sharif Haron telah ditukarkan ke Labuan pada bulan Mac 1985 untuk menyalaraskan dan menyelia kerja-kerja pembinaan Sekolah Berasrama Penuh Labuan ini.

Proses kemasukan pelajar-pelajar ke SBPL bermula pada bulan Julai 1985 dengan pengumuman hari pendaftaran pelajar telah dibuat menerusi media massa. Walau bagaimanapun, proses tukar milik geran tanah tidak dapat diselesaikan dalam jangka waktu yang dijadualkan. Pembekalan alat-alat sekolah juga tergendala.Oleh itu, pendaftaran pelajar seperti yang diumumkan telah ditanggungkan. Walaupun begitu, memandangkan ada juga pelajar yang melapor diri, maka SBPL terpaksa juga digunakan pada bulan 0gos 1985. kumpulan pertama pelajar yang menjadi peneroka ini terdiri daripada 22 orang pelajar Tingkatan Satu, 45 orang pelajar Tingkatan Empat dan 29 orang pelajar Tingkatan Enam Rendah. Bilangan guru pada ketika itu ialah 15 orang dengan Encik Mohd.Sharif Haron sebagai ketua dan penyelianya. Lewat bulan Oktober 1985, Dr. Hamdan Mohammed telah melapor diri sebagai pengetua SBPL yang pertama.

Apa yang menarik pada peringkat awal ini ialah SBPL telah meminjam bangunan SMK Labuan dan bersidang pada sebelah petang. Pelajar-pelajar Tingkatan Enam Rendah bersama-sama dengan tiga orang guru pula ditempatkan di Sekolah Menengah Sains Sabah, Kota Kinabalu. Pelajar-pelajar lelaki pada ketika itu ditumpangkan di Institusi Latihan Perindustrian Labuan dan pelajar pelajar perempuan menumpang di rumah guru- guru wanita di Taman Sea View, Tanjung Aru, Labuan. Bagi pelajar yangmempunyai saudara mara di Labuan, mereka menumpang di rumah saudara mara mereka. Pada masa yang sama juga SBPL mempunyai seorang pembantu kerani sementara dan dua orang pemandu.

Tahun 1986 amat bersejarah dan menggembirakan apabila SBPL dibenarkan berpindah ke bangunan sendiri. Tidak sampai sebulan berpindah iaitu pada 29 Januari 1986. SBPL telah menerima tetamu kehormatnya yang pertama iaitu Yang Berbahagia Tan Sri Dato’ Haji Othman Malek, Ktua Setiausaha, Kementerian Pelajaran Malaysia dan isteri. Pada 4 Mac 1986, SBPL menerima tetamu kehormatnya yang kedua iaitu Yang Berhormat Haji Bujang Ulis, Timbalan Menteri Pelajaran Malaysia.

Pada tahun 1986 SBPL telah menerima 93 orang pelajar Tingkatan Satu. 85 orang pelajar Tingkatan Empat dan 33 orang pelajarTingkatan Enam Rendah. Bilangan guru juga telah bertambah menjadi 16 orang.

Pada tahun 1987 pula, sekali lagi SBPL mencatat sejarah apabila Yang Berhormat Saudara Anwar Ibrahim, Menteri Pendidikan Malaysia telah sudi membuka tirai perasmian SBPL pada 2 Oktober 1987. Mulai tarikh itu jugalah sebuah tugu kenangan sempena majlis perasmian itu terbangun gagah di hadapan pejabat pendaftaran sekolah.

Bilangan pelajar SBPL juga telah bertambah dari tahun ke tahun. Pada tahun 2010, bilangan pelajar telah meningkat kepada 410 orang. Bilangan guru pula telah meningkat kepada 53 orang. Sekarang ini, telah banyak guru-guru baru terutamanya lepasan Universti telah di hantar ke sini. Manakala guru-guru lama pula telah dihantar ke tempat asal masing-masing.

Selaras dengan perkembangan pesat Malaysia menuju era Wawasan 2020 SBPL bergerak memenuhi tuntutan dan harapan negara dengan memulakan program Matrikulasi Universiti Sains Malaysia telah menggantikan pengambilan pelajar Tingkatan Enam. Pada 10 April 1997 secara rasminya SBPL menjadi sepenuhnya aliran sains dengan pengisytiharan nama Sekolah Berasrama Penuh Labuan kepada Sekolah Menengah Sains Labuan (SMSL).

Cogan kata SMSL berasaskan kepada 3 kata kunci “USAHA JAYA BAKTI” yang membawa maksud “pelajar SMSL dikehendaki berusaha dengan gigih untuk mencapai kejayaan dalam hidup. Setelah berjaya, pelajar dikehendaki berbakti kepada masyarakat, bangsa dan negara.

Dengan berpegang kepada cogan kata sekolah dan gandingan bersama guru, pelajar dan kakitangan bukan mengajar, ibubapa dan masyarakat setempat. SMSL mengorak langkah menuju ke arah kecemerlangan dan seterusnya membantu ke arah merealisasikan wawasan negara.