Walaupun sudah menukar nama kepada Sekolah Menengah Sains, tetapi sistem masih sama seperti Sekolah Berasrama Penuh Integrasi yang lain. Integrasi bermaksud gabungan 3 pakej aliran yang ditawarkan kepada pelajar menengah atas (tingkatan 4 & 5) mengikut kriteria-kriteria yang telah ditetapkan. Bagi pelajar menengah rendah pula (tingkatan 1 hingga 3), aliran dan sukatan pelajarannya sama seperti pelajaran dan pembelajaran yang digariskan Kementerian Pelajaran Malaysia untuk semua sekolah.

Bahasa Arab adalah mata pelajaran wajib untuk menengah rendah dan untuk bahasa asing yang lain seperti Bahasa Jerman dan Bahasa Jepun adalah pilihan sahaja.

3 Pakej Aliran Untuk Menengah Atas

Aliran Sains Tulen

1. Bahasa Melayu
2. Bahasa Inggeris
3. Matematik
4. Matematik Tambahan
5. Kimia
6. Fizik
7. Biologi
8. Sejarah
9. Pendidikan Agama Islam

Aliran Sains Agama

1. Bahasa Melayu
2. Bahasa Inggeris
3. Matematik
4. Matematik Tambahan
5. Kimia
6. Fizik
7. Biologi
8. Sejarah
9. Pendidikan Al-Quran & As-Sunnah
10. Pendidikan Syariah Islamiah
11. Bahasa Arab Tinggi

Aliran Sains Teknikal

1. Bahasa Melayu
2. Bahasa Inggeris
3. Matematik
4. Matematik Tambahan
5. Kimia
6. Fizik
7. Sejarah
8. Pendidikan Agama Islam
9. Lukisan Kejuruteraan
10. Teknologi Kejuruteraan