Sidek Baba mendapat pendidikan awal dan menengah di Melaka.Semasa ditemubual dalam majlis Maulidurrasul, beliau menjelaskan hanya mendapat keputusan SPM gred 3. Kemudian mengambil peperiksaan STP sebanyak 7 kali. Kemudian melanjutkan pengajian perguruan di Maktab Perguruan Sultan Idris , Tanjung Malim dan kemudian melanjutkan pelajaran di Universiti Malaya dalam bidang Pengajian Melayu. Seterusnya menyambung pengajian di UKM dalam Diploma Pengajian Islam. Seterusnya ke Amerika Syarikat dalam bidang Sarjana Sains Pendidikan dan Doktor Pendidikan dalam bidang Kajian Dasar Pendidikan.