Berpengalaman sebagai guru selama 18 tahun dan pensyarah di Institut Aminuddin Baki selama 5 tahun. Dilantik sebagai Timbalan Dekan Akademik Pusat Matrikulasi UIAM dan Dekan Pusat Matrikulasi dari 1992-1994. Dari tahun 1994-2002, menjadi Timbalan Rektor Universiti Islam Antarabangsa Malaysia.

Sidek Baba menjadi Lembaga Pengarah IKIM, Lembaga Pengarah Darul Quran Malaysia, Lembaga Pengarah IKMAS, JAKIM,Lembaga Penasihat Pendidikan Institut Integriti Malaysia, Lembaga Muafakat MARA dan Lembaga Akademi Ketamadunan.

Kini, berkhidmat sebagai Profesor Pendidikan di UIAM dan menetap di Padang Balang, Sentul, Kuala Lumpur.