Pada 7 Mac 1999, enam[1] hari selepas tamat pemotongan terakhir Eyes Wide Shut untuk keluarganya dan bintang-bintang, Kubrick meninggal dunia semasa tidur pada usia 70 tahun, selepas mengalami serangan jantung. Pengebumiannya diadakan lima hari kemudian di tempat kediamannya di Childwickbury Manor, dengan hanya teman rapat dan keluarga yang hadir, berjumlah kira-kira 100 orang. Media disimpan satu batu di luar pintu masuk.[2] Alexander Walker, yang menghadiri pengebumian itu, menggambarkannya sebagai "perpisahan keluarga, ... hampir seperti berkelah ala Inggeris", dengan selebriti, klarinet dan penyanyi yang menyediakan lagu dan muzik dari banyak komposisi klasik kegemarannya. Kaddish, doa Yahudi berkabung, dibacakan. Beberapa obituari beliau menyebut latar belakangnya Yahudi.[3] Antara mereka yang memberi eulogies ialah Terry Semel, Jan Harlan, Steven Spielberg, Nicole Kidman dan Tom Cruise. Beliau dikebumikan di sebelah pokok kegemarannya di ladang itu. Dalam bukunya yang didedikasikan kepada Kubrick, isterinya Christiane termasuk salah satu petikan kegemarannya iaitu Oscar Wilde: "Tragedi zaman tua bukanlah sesuatu yang sudah lama, tetapi yang muda itu."[4]