Beliau kembali ke Betong dan menubuhkan Parti Kebangsaan Sarawak (SNAP) pada 10 April 1961 di Betong. Stephen Kalong menjadi setiausaha agung. Tokoh pengasas lain ialah T.S. Tinker (Pengerusi), Edward Howell, Edwin Howell, Ivory Kedit, Mathew Dana Ujai, David Lawrence Usit, Nyipa Julin and Lionel Bediman anak Ketit.

Bagaimanapun, Stephen Kalong menolak cadangan Tunku Abdul Rahman untuk gabungan Sabah, Sarawak dan Persekutuan Tanah Melayu untuk membentuk Malaysia. Beliau mempunyai pengaruh yang kuat di Sarawak terutama peribumi Dayak. Pilihan raya 1962 diadakan dan SNAP menang banyak kerusi dan beliau dilantik menjadi Ketua Menteri Sarawak. Beliau juga memainkan peranan penting untuk membentuk Perikatan Sarawak dan menyandang jawatan Setiausaha Agung.