Kemunculan pesawat Su-9 terhasil daripada kajian aerodinamik yang dilakukan oleh TsAGI, sebuah pusat aerodinaik Soviet semasa Perang Korea, yang mana telah direka berdasarkan beberapa tatarajah aerodinamik optimum untuk jet pejuang. Pesawat prototaip yang diberi designasi sebagai T-405 ini telah melakukan penerbangan sulung pada tahun 1956. Su-9 telah dibangunkan pada masa yang sama dengan pesawat Su-7 'Fitter', dan kedua-dua pesawat ini telah dilihat oleh Barat semasa di Hari Penerbangan Tushino pada 24 Jun 1956, di mana pesawat Su-9 telah digelar dengan Fitter-B. Pesawat ini mula memasuki perkhidmatan pada 1959.

Kira-kira sejumlah 1,100 buah pesawat Su-9 telah dikeluarkan. Adalah dipercayai sekurang-kurangnya beberapa buah pesawat Su-9 telah dinaik taraf kepada pesawat Su-11 'Fishpot-C'. Tiada sebuahpun daripada pesawat ini telah dieksport ke negara-negara sekutu Kesatuan Soviet atau negara-negara daripada Pakatan Warsaw. Angkatan pesawat Su-9 sedia ada dan Su-11 kemudiannya telah dibersarakan semasa tahun 1970-an. Beberapa buah daripadanya dikekalkan sebagai pesawat ujian atau diubah menjadi pesawat kawalan jauh untuk digunakan sebagai pesawat udara tanpa pemandu (UAV). Pesawat ini telah digantikan oleh pesawat Su-11 yang telah dinaik taraf dan pesawat Su-15 'Flagon' yang lebih berkuasa serta pesawat MiG-25 'Foxbat'.

Rekod pertempuran Fishpot sekiranya ada, adalah tidak diketahui. Ia berkemungkinan telah terlibat dalam pemintasan (atau mungkin juga menembak jatuh) pesawat musuh yang melakukan misi pengawasan, yang mana perinciannya masih menjadi rahsia.

Pada 4 September, 1962, sebuah pesawat Su-9 yang telah diubah suai (pengenalan T-431 oleh pihak biro) telah diterbangkan oleh Vladimir Sergeievitch Ilyushin telah mencipta rekod dunia bagi ketinggian mutlak pada 28,852 m (94,658 kaki). Pada bulan November 1962, Ilyushin telah mencipta beberapa rekod-rekod ketinggian/kelajuan kekal dalam pesawat yang sama.