Sultan Azlan Shah berkahwin dengan Tuanku Siti Bainun binti Mohd Ali, dikurniakan 2 putera dan 3 puteri.

1. Raja Nazrin Shah ibni Sultan Azlan Muhibbuddin Shah diputerakan pada 27 November 1956. Raja Nazrin Shah ditabal sebagai Raja Muda Perak. Memiliki Ijazah Doktor Falsafah (Ph.D) dalam bidang Sains Politik dan Ekonomi daripada Oxford University dan Ijazah Sarjana Political Economy and Government daripada Universiti Harvard, Amerika Syarikat.
2. Raja Azureen binti Sultan Azlan Muhibbuddin Shah diputerikan pada 9 Disember 1957. Raja Azureen memiliki Ijazah Sarjana Muda Pentadbiran Perniagaan dari University U.S.A dan Ijazah Sarjana Pentadbiran Perniagaan daripada London Business School, University of London, England.Raja Azureen berkahwin dengan Dato’ Seri Mohd Salleh Dato’ lsmail.
3. Almarhum Raja Ashman Shah ibni Sultan Azlan Muhibbuddin Shah diputerakan pada 28 Disember 1958 Beliau telah dilantik sebagai Raja Kechil Bongsu Perak pada 11 Mei 1987 diikuti Raja Kechil Tengah Perak pada 10 Mac 1998 dan Raja Kechil Sulung Perak pada 16 Mac 2010. Raja Ashman Shah memegang Ijazah Sarjana Muda Ekonomi daripada University of Nottingham, England dan Ijazah Sarjana Undang-undang daripadaa Cambridge University; Barrister-at-Law daripada Lincoln’s lnn, London serta Diploma Undang-undang Perniagaan, University of London, England. Raja Ashman Shah mangkat secara mengejut pada hari Jumaat, 30 Mac 2012 akibat asma.
4. Raja Eleena binti Sultan Azlan Muhibbuddin Shah diputerikan pada 3 April 1960, memegang Ijazah Sarjana Muda Undang-undang daripada University of London dan Barrister-at-Law daripada Lincoln’s lnn, London. Kini, Raja Eleena menguruskan firma guamannya sendiri di Kuala Lumpur serta dilantik sebagai salah seorang Ahli Lembaga Pengarah Syarikat Gamuda Berhad, salah satu syarikat gergasi Malaysia.
5. Raja Yong Sofia binti Sultan Azlan Muhibbuddin Shah telah diputerikan pada 24 Jun 1961. Raja Yong Sofia memperolehi Ijazah Sarjana Pentadbiran daripada London’s lnternational University, England. Kini berkhidmat di Bank Bumiputra-Commerce Bhd. Raja Yong Sofia berkahwin dengan Tunku Kamel Rijaludin pada 5 Disember 1987.