Ketika hayat baginda Sultan Mahmud, urusan pentadbiran dijalankan oleh Bendahara. Pusat pemerintahan berada di Kota Tinggi, dan Johor Lama dijadikan istana hinggap. Di sinilah Temenggung menjaga Kota Johor Lama.

Sultan Mahmud Shah II dikaitkan dengan kezaliman dan menimbulkan pergolakan dalam negeri. Pada tahun 1697, Bendahara Seri Maharaja Tun Habib Abdul Majid meninggal dunia dan disebut "Marhum Padang Saujana".

Dalam Tahfatu'l Nafis karangan Raja Ali Haji Riau, ada slot kisah menggambarkan perangai Sultan Mahmud Raja Johor yang mati dibunuh dalam peristiwa Sultan Mangkat Dijulang. Secara halus Raja Ali Haji menyifatkan keganjilan peribadi sultan ini kerana baginda beristerikan peri (sejenis jin) yang begitu cemburu sehinggakan tiadalah sultan itu dapat bersama dengan mana-mana isterinya dari jenis manusia.

Baginda itu akhirnya dikatakan mewarisi perilaku songsang seperti kaum Nabi Lut. Sultan Mahmud ialah keturunan Raja Melaka yang melarikan diri setelah Melaka jatuh di tangan Portugis tahun 1511. Semasa kanak-kanaknya, baginda dipangku di atas takhta oleh ibu tirinya dan kerajaan ditadbir oleh Paduka Raja Tun Abdul Jamil dan keluarganya. Apabila baginda beransur dewasa dan mengambil alih tampuk pemerintahan, pusat pemerintahan berpindah dari Riau ke Johor Lama. Di sanalah baginda memerintah dengan kezaliman.

Alexander Hamilton, seorang pelayar Inggeris yang sempat berkunjung ke Johor Lama tahun 1695 menulis tentang keganjilan perilaku sultan tersebut. Baginda bertabiat bengis dan ganjil. Perangai ini disahkan juga oleh utusan Belanda ke Johor tahun 1699 yang melaporkan sultan itu terlalu muda dan sukar dikawal. Sultan ini menghabiskan masa dengan keseronokan yang keji-keji dan membunuh orang sesuka hati. Nafsu serakahnya lebih cenderung kepada lelaki yang cantik-cantik. Alexander dalam bukunya, 'A New Account of The East Indies'- Edinburgh 1727 ada melakarkan kisah seperti berikut:

"Baginda ialah peliwat yang hebat dan mengambil ramai orang kaya atau anak laki-laki orang Bangsawan, dengan paksa membawa ke dalam istananya untuk khidmat kesat tersebut. Pedagang Moorish, iaitu pemunggah di kapal saya mempunyai seorang anak lelaki yang kacak, pada suatu hari Raja telah terlihat dan memerlukan ia untuk catamite. Baginda mengancam bapanya, jika dia tidak menghantarnya dengan sukarela, baginda akan mendapatkannya secara paksa. Orang miskin tersebut telah mengambil anaknya di atas kapal, (lalu) memohon perlindungan dari saya yang telah saya janjikan padanya.." (Winstedt 1932).

Diberitakan ramai lelaki kacak menjadi mangsa kebuasan nafsu Sultan Mahmud ini. Kemuncak kezalimannya ialah membunuh isteri orang besarnya iaitu Megat Seri Rama. Isterinya, Dang Anum yang sarat mengandung itu mengidam buah nangka di dalam taman diraja. Apabila baginda tahu akan kejadian itu, baginda dengan zalim atau dengan kebodohannya telah membelah perut Dang Anum bagi melihat betulkah anak dalam kandungan yang mengidam buah nangka raja.