Sultan Yahya Petra mangkat akibat serangan jantung pada pukul 3:45 petang, hari Khamis 29 Mac 1979 dalam usia 61 tahun, di Istana Negara Kuala Lumpur. Baginda mangkat selepas santapan tengahari dan ketika sedang berahat bersama keluarga di Istana Negara. Jenazah Baginda telah diterbangkan ke negeri keputeraanya, Kelantan Darul Naim dan dimakamkan di Makam Diraja Langgar, Kota Bharu.