Apabila sedang menjelajahi Mushroom Kingdom, Mario, Luigi, Princess Peach, dan Toad menemui sebuah paip lut sinar yang pelik, dari mana sebuah makhluk seperti pari-pari hijau yang ingin tahu, dipanggil seekor Sprixie, tiba-tiba keluar. Juga dengan tiba-tiba kemudian, Bowser memuncul dari paip tersebut dan menangkap pari-pari tersebut sebelum terlepas melalui paip itu. Mario and rakan-rakannya memasuki paip tersebut untuk mengejar Bowser, lalu mendapati mereka sendiri dalam sebuah tempat ajaib baru yang dikenali sebagai Sprixie Kingdom, bersedia untuk mencari Sprixie-Sprixie.

Selepas menyelamat Sprixie terakhir, Mario dan rakannya diserang hendap oleh Bowser yang andainya telah ditewaskan, lalu menangkap balik sebuah tujuh Sprixie lagi, dan berundur ke istana kota terakhirnya. Setelah menguatkan sendiri dengan dua barang baru permainan ini, Bowser memulakan pertarungan terakhir dengan mereka sebagai "Meowser", tetapi ditewaskan lagi di puncak pencakar langitnya. Keempat-empat perwira, dalam pakaian kucing mereka, meninggal Sprixie Kingdom sambil rakyatnya melambai selamat tinggal. Bowser sekarang diperangkap dalam sebuah botol sebagai hukuman.