Setelah Taj Mahal siap dibina, Shah Jahan telah digulingkan oleh anak lelakinya Aurangzeb. Shah Jahan telah ditahan di dalam rumah berdekatan Pelabuhan Agra. Dari sana, beliau meninjau makam Taj Mahal. Setelah meninggal dunia, Aurangzeb mengebumikan ayahnya di sebelah makam isterinya.

Dalam abad ke-19, banyak bahagian dan lapisan telah jatuh dan tidak diperbaiki. Ketika pemberontakan India 1857, tentera British telah menguasai Taj Mahal dan mencuri batu permata di dindingnya.

Pada penghujung abad ke-19, George Nathaniel Curzon yang menjadi wizurai British di India mengarahkan pembaikan dilakukan yang siap pada tahun 1908. Lampu-lampu besar chandeliar telah dipasang. Seni taman telah diubah mengikut gaya London.

Ketika Perang Dunia II pada 1942, dindingnya rosak akibat serangan udara daripada tentera Jerman. Tentera Jepun juga menjadikannya sebagai sasaran serangan udara.

Ketika Perang India-Pakistan 1965 dan 1971, Taj Mahal turut menerima padah daripada serangan udara.

Pencemaran udara terutama hujan asid daripada kilang penapis minyak Mathura telah menjejaskan warna putih Taj Mahal. Sungai Jumna yang kotor dan tercemar turut menjejaskan keindahan Taj Mahal.