Zainuddin ialah seorang anak yatim. bapa Minang meninggal dunia dalam buangan selepas membunuh saudara pemilikan; ibu bukan Minang beliau juga telah meninggal dunia. Beliau kini hidup dengan rakan bapanya Mak Base di Batipuh, Sumatra. Sebagai seorang yang berketurunan campuran, beliau menghadapi banyak diskriminasi daripada konservatif Minang. Walaupun dia menyintai Hayati, anak seorang bangsawan tempatan, Hayati tidak dibenarkan untuk bersama dengan beliau. Dia memutuskan untuk bergerak ke Padang Panjang, walaupun dia terus menulis kepada Hayati.

Satu hari, Hayati pergi ke Padang Panjang untuk melihat Zainuddin dan kekal dengan rakannya Khadijah. Walau bagaimanapun, abang sulung Khadijah Aziz jatuh cinta dengan Hayati, yang membawa kepada Zainuddin dan Aziz untuk bersaing untuk perasaan Hayati. Aziz, yang berketurunan Minang semata-mata dan latar belakang yang mulia, disukai oleh keluarganya; mereka memandang rendah terhadap Zainuddin yang miskin dan warisan bercampur-campur. Walaupun Zainuddin menerima warisan yang besar dari Mak Base, dia terlalu lewat untuk memberitahu keluarga Hayati, dan Aziz berkahwin dengan beliau.

Berputus asa, Zainuddin dan rakannya Muluk pergi ke Jawa, pertama ke Batavia dan kemudian ke Surabaya, di mana Zainuddin dikenali sebagai seorang penulis dan dermawan. Aziz dan Hayati juga bergerak ke Surabaya, selepas Aziz dipindahkan. Walau bagaimanapun, hubungan mereka telah memburuk dan sabar Aziz menyebabkan dia dipecat, meninggalkan pasangan yang tiada tempat tinggal. Selepas tempoh yang hidup dengan Zainuddin, Aziz melarikan diri ke Banyuwangi, meninggalkan Hayati untuk Zainuddin; dalam satu surat, Aziz menulis bahawa Zainuddin adalah lebih layak.

Zainuddin yang telah mengalami kerinduan beliau untuk Hayati, spurns beliau dan memberitahu beliau untuk kembali ke Sumatera. Keesokan harinya dia menaiki Van der Wijck, yang tenggelam di luar pantai utara Jawa. Mendengar berita itu, Zainuddin dan Muluk tergesa-gesa untuk Tuban untuk mencari beliau. Mereka mencari beliau di sebuah hospital, di mana Zainuddin dan Hayati membentuk; dia kemudian mati di tangannya. Kesihatan Zainuddin tidak menjadi lebih teruk lama selepas itu. Selepas kematiannya, dia dikebumikan bersebelahan dengan Hayati.