Setelah tamat belajar pada 20 Jun 2006, Tengku Amalin menjawat jawatan majistret di Mahkamah Majistret Kota Bharu. Antara kes kendaliannya ialah kes Datuk Nik Sapeia Nik Yusoff menyembur mata Tun Dr Mahathir Mohamad dengan penyembur. Tengku Amalin juga pernah mendapat kritikan daripada para ulama di Kelantan serta menimbulkan konstroversi di negeri itu kerana menjatuhkan hukuman penjara kepada seorang pelajar sekolah agama kerana hanya memakai serban sewaktu menunggang motosikal sebelum ditahan pihak penguat kuasa di Kubang Kerian pada Januari 2009.

Pada 15 Julai 2009 iaitu setelah tiga tahun menjawat jawatan majistret, Tengku Amalin berpindah ke Mahkamah Tinggi Kuala Lumpur (Sivil) dan memegang jawatan sebagai Penolong Kanan Pendaftar dan Timbalan Pendaftar sehingga 15 Julai 2012. Tugasnya ialah mendengar dan menentukan pertikaian antara litigasi dalam kes sivil, dan hukuman mereka jika sabit kesalahan.