The Bourne Supremacy meneruskan kisah Jason Bourne, bekas pembunuh CIA menderita amnesia psikogenik.[3] Bourne dilakonkan oleh Matt Damon. Filem ini memberi tumpuan kepada percubaannya untuk mengetahui lebih banyak masa lalu kerana dia sekali lagi menyelubungi konspirasi yang melibatkan CIA dan Operasi Treadstone. Filem itu juga dibintangi oleh Brian Cox sebagai Ward Abbott, Joan Allen sebagai Pamela Landy dan Julia Stiles sebagai Nicky Parsons.